DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
71401 CC(C)C1C(O)CC2=NN(C)C3=C(C4C=CC(=N)NCC4N3)C21 TargetDiff 4RJ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71402 CC[C@H](CCO)C1=NNCC2=C3NC(=NO)N(C)[C@H]3C12 TargetDiff 4RJ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71403 O=C1C(O)C2(O)CCC1(O)O2 TargetDiff 5JOX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71404 CC1CC2C3C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C3N2CC1C TargetDiff 5JOX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71405 O=C(O)CC(O)C(O)CCO TargetDiff 5JOX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71406 O=C1CC2(O)CCC(O)(O)C(O)(C1)C2 TargetDiff 5JOX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71407 O=C(O)CC1(CO)CCC(O)C(O)C(=O)O1 TargetDiff 5JOX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71408 O=C(C(O)CO)C(O)C(O)O TargetDiff 5JOX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71409 CC1CCCC(C2(F)C(C)C(O)C(O)(CO)C2O)C2CCC3CC(O)C1CC32 TargetDiff 5JOX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71410 OC1CCCC1OC1CC2OCC(O)C1(O)C(O)C2O TargetDiff 5JOX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71411 CC(OCNN1CCOC1)C(O)C(O)(O)C(O)CO TargetDiff 5JOX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71412 O=C(O)C1OC(O)(C2CC(O)C(O)C(CO)O2)C2CC(O)C(O)(CO)C(O)C1(O)C2O TargetDiff 5JOX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71413 O=C1CCN2CCN(O)CCC2C2=C1OC(NC1C=CCC=C1)(C1CC3(F)CCC1C3)CC2 TargetDiff 5OUH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71414 O=C1NN2Cc3ccc(CO)cc3[C@H]2N1CCC=CNc1ccccc1 TargetDiff 5OUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71415 CC/C1=C/CCCC2C(CCCN2COC2C=CC(=N)N=C2F)C1 TargetDiff 5OUH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

71401 to 71415 of 73725 items. Total 4915 pages.