DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
71461 CCCO.CCOc1cc(CCC(=O)O)cc([C@@H](C=CO)C=N[C@@H](C(=O)N[C@H](C)C(=O)N2CCCOCC2)N2CC3=C[C@H]([C@@H](C)OCN)CCC[C@H]3C2)c1 TargetDiff 5JSJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71462 N=C1CC=C(C(=N)C2SCC(COP(=O)(O)OP([O])[O])OC2=O)C(=N)N1 TargetDiff 4LJ5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71463 O=[P](OCC1OCC(C2CC3NCc4ncc(O)c2c43)OC1O)OP(=O)(O)O TargetDiff 4LJ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71464 O=[P](OP(=O)(O)O)C1OCC(C(O)OC2CN3CCNC3=NC3=NCCN32)OC1P(=O)(O)O TargetDiff 4LJ5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71465 CC[C@H]1N[C@@](O)(NCN)C2CCC(N=C3C=CCC([C@H](CP(=O)(O)O)C(=O)O)=C3)=C2C1=O TargetDiff 4LJ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71466 N=C1CNCN(C2OCC(O[P](=O)OP(=O)(O)O)CC2O)CN/C=N\1 TargetDiff 4LJ5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71467 CN1CNC(=N)N=C1N(C)C(CO)OC(=O)CC(O)P(=O)(O)O TargetDiff 4LJ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71468 CP(=O)(O)O.NCNC1CNC2=C1NCN2CC(=O)OC1CCCC1OP([O])[O] TargetDiff 4LJ5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71469 CCC1=C2CC(=O)CC2CC(O)C1N1c2cc(F)ccc2OC1C1C(O)CCC(O)C1O TargetDiff 5OQU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71470 C[C@@H](CNC(=O)[C@H](C=C1C=CCC(F)=C1)C(=O)c1cc(F)c(F)cc1O)C(N)=O TargetDiff 5OQU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71471 O=C1CCC=C(CC(Cc2cccnc2)(C(F)F)C2CCC3=C2CCC3F)C1 TargetDiff 5OQU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71472 O=C(O)C1C=CC=C(C2C=CCC(OF)=C2F)C2C3C(=O)ONC3=CCC12 TargetDiff 5OQU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71473 CON1CC2CC34Cc5c(O)ccc(F)c5C(F)CC(C2C1)C3OC(=N)C1=CC=C(F)C=CC14 TargetDiff 5OQU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71474 CC1C=C(N(C)C2CN(C)CCCC2C2C=CCC=C2)CC=C1F TargetDiff 5OQU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71475 CC1=CC(C2=C(F)C=CNC=C2C(F)(F)c2ccccc2)C=CC1 TargetDiff 5OQU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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