Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
71476	CC1=C2C=CCN=CC2=C2CC(=O)N3C4=C(CCN4)CC4C=C=C(F)CC(F)=C=CC(C12)C43	TargetDiff	5OQU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71477	CN1N=C(N[C@@H]2C[C@H]3C=C4COC[C@@H]4[C@@H]4N=C(F)C5C(=CF)CC=C[C@@H](O2)N5[C@H]34)CN1	TargetDiff	5OQU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71478	COCCC(=N)N1NC(c2ccc(F)cc2)=C(C2C=CNC=C2)N1	TargetDiff	5OQU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71479	CCC(COC1CC2=CCC(O)=CC2CC1=O)C(C)CCCO	TargetDiff	6DPT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71480	Cc1ccc2c(c1)N(O)C(=NC(=O)CCN[C@H](CNC[C@@H](C)O)[C@@H](C)NC(=O)O)C2	TargetDiff	6DPT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71481	O=C(N=C1CCC(O)C[C@H]1C(=O)O)[C@H]1SCCO[C@@H]1C(=O)O	TargetDiff	6DPT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71482	CC(=O)N(O)CC(O)(O)C1CC(C(=O)O)OC1COC(=O)CCCCC(C)O	TargetDiff	6DPT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71483	CC(=O)C(NC1=CC=CC(F)C=C1)C(N)CC(O)(O)C(S)CCCC(=O)O	TargetDiff	6DPT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71484	CCCC(O)=CC(O)(O)[C@@H]1C[C@@H](CC(=O)O)OCC2=CC(C)C=C[C@H]2CO1	TargetDiff	6DPT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71485	CC(N)C(=O)NC1CC(C2CC(=O)C3C(O)=CCC=C32)CO1	TargetDiff	6DPT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71486	CCC1(O)C(C(=O)O)C(C(C(=O)O)c2ccccc2)C2C(=O)C(O)C21	TargetDiff	6DPT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71487	C[C@@H]1CC(=C(NC=O)OC2C=CCC=C2)[C@H](P(O)O)C1	TargetDiff	6DPT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71488	C=O.CC1CCCC(C2CC(C3C=CNN=C3)C3CCCCC3CC2(O)O)CC1	TargetDiff	6DPT	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71489	CO[C@]1(CC(=O)C=C2CC3C(=NC=NN3C[C@H]3OCCCC[C@@H]3F)O2)[C@H](F)OC(F)(F)[C@H]2Nc3ccccc3CO[C@H]21	TargetDiff	4ZBI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71490	CCOC1CC(Oc2ccncc2N2CCOCC2)N2C(=O)C=CCC=C12	TargetDiff	4ZBI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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