Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
71431	N=CNC(=O)C1CCCC(C(=O)O)C1	TargetDiff	5L4M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71432	NC1C(F)=CCC2=C3CC(C(=O)O)CC3(F)NC(=O)C21	TargetDiff	5L4M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71433	C[C@@H](O)CCN=c1c2ccc(F)cc2ncn1CC[C@]1(O)C(=O)O[C@H](C(N)=O)C[C@@H]1O	TargetDiff	5HZ8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71434	O=C1CC2C=CC=CC=C2C2C3OCc4cccc(c43)N(C3CCNC3)N12	TargetDiff	5HZ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71435	COc1ccc2cc1C(=O)NCN(C)C1(O)CCC=C(CC3NC4C(=O)C2CC4NC3=O)C1O	TargetDiff	5HZ8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71436	OC1CCCC2CCC(O)N2c2cc(F)c(F)c(n2)C2=C(CCN2)OC1	TargetDiff	5HZ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71437	CNC(=O)C1ON2c3c(O)ccc4c3C3c5c(cccc5CC(O)C(O)CC1C32O)C4	TargetDiff	5HZ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71438	[O]S1([O])CC2=C=CC3C(=C=C/C=C\2)C=C2NCOC2=C3CCOC2C=CC=CC2C2CN1C2	TargetDiff	5HZ8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71439	Cc1cc(-c2ccccc2)c2c(C3CC(O)(O)C4=C3NNN4)cccc2c1	TargetDiff	5HZ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71440	CC1=CC=C2C(O)C1OS(O)(O)c1cc(C)cc(c1)C(C(=O)O)CCC1CC(C(C)C1=O)C2O	TargetDiff	5HZ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71441	CC(=O)C1CC(c2ccccc2)N2C(=O)C3(O)CC(OCC3c3ccc(C)cc3)C12O	TargetDiff	5HZ8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71442	CC1=CC(N)=CC2C1OC1C3C4=C(CCN4)CC3C(=O)C3C4=C(CCC4)C2C31	TargetDiff	5HZ8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71443	CC(=O)CC(C)(O)CC1NCCCC=C1C	TargetDiff	6R1A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71444	O=C1OCC(O)(O)C1=O	TargetDiff	6R1A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71445	C=CC.CC.CC.C[C@@H]1C(=N)NC=NN1[C@@H]1CO[C@@H]2[C@H]1CN(C=CC=CN)[C@@H]2O	TargetDiff	6R1A	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔

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