DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
71491 CC(=O)C1C=CC(C2C=c3ncnc4c3=C3C(=CCC(=N)N3C2)C4)CC(C2CCC2)=C1O TargetDiff 4ZBI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71492 Cc1cc(CC2C=C3C(C=NC2=O)OC2C(C)N(c4cnc5c6c4C4=CCC=CC4C=C6C=CC5)CN32)ccn1 TargetDiff 4ZBI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71493 CC1=C(O)C=C2CC3N(CC(=O)O)c4ccc(C)cc4C34C=CC=CC1N24 TargetDiff 4ZBI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71494 COC1=CCC(C(=O)O)=CC1OC(C)NC1=CCN=C2NC(=N)C12 TargetDiff 4ZBI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71495 CC1=C(C2CCC34C5CCC(=O)C5CC3C(C)(O)OC4(C)C2)C=CCC=C1 TargetDiff 4ZBI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71496 CCCC1CC2=C(CCC=C2)CC(CCC)C(C)C1 TargetDiff 4ZBI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71497 CC(C)C(C1C=CC=CC1)C1C/C=C\NC2C=CCC=CC2C1 TargetDiff 4ZBI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71498 COC1CCC(C2C(C3CCCCC3)CC(F)C2OC2=CC=CC=CC2)C1 TargetDiff 4ZBI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71499 O=C(O)CC(O)CO TargetDiff 1JN2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71500 O=C(O)CC(=O)O TargetDiff 1JN2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71501 NONC(=O)CC1=NC2C3CCCC(CC2c2cc(C(=O)O)c(NCCc4ccccn4)cc21)O3 TargetDiff 1JN2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71502 CC(O)(O)C(=O)O TargetDiff 1JN2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71503 CCN1OC(=O)C(O)C(O)C1=O TargetDiff 1JN2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71504 O=C(O)CP(=O)(O)O TargetDiff 1JN2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71505 CN(C)CN1CC(O)C(O)C(O)C1 TargetDiff 1JN2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

71491 to 71505 of 73725 items. Total 4915 pages.