Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
71446	NN1CC(C2CCCC2)CN1	TargetDiff	6R1A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71447	C.C.C.C#C.CC=NCC.CNC(=O)C[C@@H]1[C@H](C)CO[C@H]([C@H]2CO[C@@H](O)C2)[C@@H]1C.F	TargetDiff	6R1A	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
71448	N=C1CNC2=NC3=NCCCN3C12	TargetDiff	6R1A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71449	CC1C(O)CC(CO)OC1CO	TargetDiff	6R1A	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71450	O=C(O)C1NCC2C1CC1C3CCNC34CC2C1(F)C4	TargetDiff	6R1A	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71451	O=C1CC2CC3=C(C2=N1)C1=C2C3CCN2CC=C1	TargetDiff	6R1A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71452	CC(F)F.C[C@@H](O)NNC(=O)C[C@H]1[C@@H](CC(=O)O)O[C@@H]2CC(=NCNCNN)C[C@@H]21	TargetDiff	6R1A	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
71453	C[C@H](CF)Nc1ccc(N=C2N=C3CC[C@@H](C4=NC(Cl)SN4C)C3=N2)cc1	TargetDiff	5JSJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71454	CC=CCCCCCCN1C(=O)C(=CC(C=NCC)Cc2cncc(OC)c2)c2cc(OC)ccc21.FC(F)(F)F	TargetDiff	5JSJ	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71455	CCCC=CCOCCN1C[C@H]([C@@H]2CCOC2)CC[C@H]1[C@H]1N[C@@H](CCCCCN)CO1	TargetDiff	5JSJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71456	CC=CCCC=COC(=O)[C@@H]1C=C[C@H](NC[P@@](=O)(O)NCCCO)C=C1NC[C@@H]1C[C@@H](CC(=O)O)CN1	TargetDiff	5JSJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71457	C=CCCCCCOC1C(CC(O)c2ncc(NC)s2)C2=CCC(F)(C(O)CCN)C(F)C2N1CC	TargetDiff	5JSJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71458	CCCCC.CCCCC=C=CCC#Cc1ccc(C(CCC(=N)N)SCC)nc1	TargetDiff	5JSJ	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71459	CCCCC.CC[C@@H](CN([C@H]1CC[C@@H](C(C)C)O1)[C@@H]1CCCCCC1=C1CC[C@H](CF)C1)[C@@](C)(O)NC(=CC[C@H](C)O)O[C@H](CO)C[C@H](C)O	TargetDiff	5JSJ	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71460	CCCCCCC(C)NC(=N[C@@H](CC)CCOCCOC)C1=C(N)C([C@H](C)CCCO)NN1	TargetDiff	5JSJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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