Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
71266	CSC1=C(C=CC2=C=C3C(=C(N(C)O)NC2)C[C@H]3C)C[C@H](C(N)=O)N1	TargetDiff	4CWN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71267	CCCCNC1CC2OC3N(CC2CC(O)C1O)N=C1N=CC=C(O)CN13	TargetDiff	4CWN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71268	CCNC(=N)C1=CC2=c3c(nc(=CN4C(=N)C5=CCC=C6C5=C4O[C@H]4[C@@H](O)CC[C@H]64)nc3OO2)C1	TargetDiff	4CWN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71269	CCC.CCCOCC(N)C1OC2=C(O)C(N)=C(C)N=CN2C(=O)C(O)C1O	TargetDiff	6JAV	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71270	CCC1C#COC(C)OC2CC3C4COC5C4C(C(C)CC(O2)C3C(=O)O)C2OCCC(O)C(OC)C(C(=O)O)C(C)(CCC(O)C1)C5O2	TargetDiff	6JAV	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71271	CN1C[C@@H](NC(CC[C@H]2CCC[C@@H]2OC(=O)CO)=C2C=CCC=C2)CC(C2=C[C@@H](O)C=CC2)=N1	TargetDiff	6JAV	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71272	CC(C)C1CCC/C(N(C)C)=C\NCCNC2(O)C(C)C(O)C3c4ccccc4C1(O)C3N2O	TargetDiff	6JAV	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71273	Cc1nccnc1CCN(c1cccnc1)C1C2COCC3=CCC=C(C4CC1(O)CC4c1ccccn1)N32	TargetDiff	6JAV	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71274	CCC1C(F)CCNC1C1OC(=O)C(C)C(O)C(O)(OC2C=NC(=O)N=C2)OC2OC(C2O)C2(O)CC1C(=O)C2CC(=O)NC	TargetDiff	6JAV	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71275	CCCN(C)C=C1NC2=C3[C@@H]1CCN3C[C@@H](O)N[C@@H](C)C1=C[C@@H]2N(C2C=CC=CC=C2)C=CC1	TargetDiff	6JAV	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71276	CC(C)COC1OC2(CC(CO)CC2C(C)O)CC23CCC4C=CCCC4CC2(Cl)CC(CN)C13	TargetDiff	6JAV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71277	CCN(C1=CCC(Cl)=CC1)C1(O)C(O)=C(C2OCC(O)C2O)CN1C1C=CCN=C1	TargetDiff	6JAV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71278	CNC(=O)CCC12CC3CCC4C=CC=CC4=C(O)C3CC1CC(C(O)CN)C(O)C2O	TargetDiff	4QF9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71279	C[C@H]1c2nc(OC(N)=O)cc(F)c2COC[C@H]2C[C@H](CCOC2=O)[C@@](C)(O)[C@@H](N=CN)C(=O)N1C	TargetDiff	4QF9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71280	NC1(O)CC2C=C(S(O)(O)O)CC=C2OC1CC(=O)O	TargetDiff	4QF9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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