Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
71236	NC(=O)C1CC(C2C(=O)NC3C(O)=CCC=C32)C(C2C=CCN=C2)N=NC1=O	TargetDiff	4URY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71237	C=CC=C=CC=CN(O)C1=CO[C@@H](c2ccccc2O)N(C)C(=O)N1CCC	TargetDiff	4URY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71238	OC1=CC=CC=C[C@@H]1c1ccccc1[C@H](O)[C@@H]1N=C(C2CCCO2)NC1=NC(F)(F)F	TargetDiff	4URY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71239	CC1=C2OC3(C4=CCC(=N)N=C4)CCC4C(C(=O)O)CC(C2CN1)C43	TargetDiff	4URY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71240	CC1C(=O)CCC=C1C1CC2CCC(C)C3CCC(C(=O)NC(F)(F)F)CC(N1)C23	TargetDiff	4URY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71241	O[C@H]1[C@@H]2NNOC2COc2ccccc2NC(N=C2CC[C@@H]3OCO[C@H]23)=C=C2N=C(NC[C@@H]3C=CCC(Cl)=C3)[C@@H]21	TargetDiff	4URY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71242	CC(=O)NCCN1C(=O)N2C3=C(C=CCN=C3)CC2CC1CCO	TargetDiff	4URY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71243	O=P(O)(O)C(O)(C(O)O)C(CC(O)CF)C(O)CO	TargetDiff	6CZE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71244	O=C(O)C1OC(CP(=O)(O)O)OC1C(O)(O)C(O)C(O)CO	TargetDiff	6CZE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71245	O=C1C(C(O)C(CO)OP(=O)(O)O)CC(OP(=O)(O)O)C(O)C2COCN12	TargetDiff	6CZE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71246	CC1(N2C=NC(=N)CCC2)CC(CC(OP(=O)(O)O)C2OCCC2C(=O)O)O1	TargetDiff	6CZE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71247	NC(=O)OCC1C(O)OC2OC1(C(=O)O)OC(C(=O)O)C2O.O=[P](O)O	TargetDiff	6CZE	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71248	CC(C(O)COP(=O)(O)O)C(O)C1C(O)C(OP(=O)(O)O)C1P(=O)(O)S	TargetDiff	6CZE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71249	O=C(OCP(O)O)C(O)C(O)C(O)COP(=O)(O)O	TargetDiff	6CZE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71250	O=C(O)C(O)C(COP(=O)(O)O)(OC(CO)C(O)CO)OP(=O)(O)O	TargetDiff	6CZE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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