DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
71146 O=C1CC2=C(C=N1)CNC2 TargetDiff 6GGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71147 CC(=O)O.OC1=C(O)C=C(Cc2ccc3ccccc3c2)C(F)C=C1 TargetDiff 6GGF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71148 NN(O)CCc1ccccc1 TargetDiff 6GGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71149 N=C1CC=CC2CCCCC=C12 TargetDiff 6GGF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71150 Cc1cc(C2=CC=C3CNC(C4CC(O)CCN4)=C3C2)ccn1 TargetDiff 6GGF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71151 CC1=CC2=C(CCC2)C2C(=N1)C(=O)C1=C(O)CC(=O)N=C12 TargetDiff 6GGF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71152 N=C1CC2=C3C=CC=CC=C3C(=O)C2=CN1 TargetDiff 6GGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71153 CC1CC2C(=O)N=C(Cc3cccc(Cl)c3)C3=C2C(C1)C1OC(C)C(O)CC31 TargetDiff 6GGF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71154 COC1/C=C\NCC2=NC(=NC(=O)NC3=CCN=CC3)N=C2NC1 TargetDiff 6GGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71155 C=CCCCNCC(N=CCNCCCC)=NCCCC(=O)C1=NC=CC2C1OC[C@H]1CC=CCN21.FC(F)F TargetDiff 5CC2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
71156 NC(=O)C(O)CCN1C(=S)NC(NC(=O)O)=CC1CC1CCCN1 TargetDiff 5CC2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71157 C[C@@](N)(O)[C@](C=C1C=CCC=C1)(CCCC(=O)O)c1ccc(F)cc1 TargetDiff 5CC2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71158 O=C1N[C@H]2C(=C(F)F)CC([C@@H]3C=CC=C[C@H]3[C@@H]3CC[C@@H](O)[C@H](O)C3)[C@@H]2N1 TargetDiff 5CC2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71159 C=C1CC(CC=CC2=C([C@@H](C)C(O)C3(O)CCC3)CC(O)C(=O)N2)=N[C@H](C(F)F)[C@H]1F TargetDiff 5CC2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
71160 COCC(C(O)O)C(C1CN=C(C)N1)C1CC(=O)OC1=O TargetDiff 5CC2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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