DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
71131 Cc1nc(OC(=O)C(NCCO)C2=C(C(=O)O)NCN2)ccc1O TargetDiff 6FHK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71132 O=C(O)C1CC(O)C(Oc2ccc(F)cc2)C1c1cccc2c1CC1C2CCC1(O)O TargetDiff 6FHK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71133 COC1C=CC(CCN2CCC(C)C2)=C(C(O)CC(COP(=O)(O)CC(OP(=O)(O)O)C(C)CO)CC(O)C(=O)O)C(C)=C1 TargetDiff 6FHK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71134 COC(=O)CC(=O)NC(c1ccc(O)c(O)c1)C1NCC1N(C=O)CC(O)C(O)OP(=O)(O)O TargetDiff 6FHK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71135 CC(O)C(=O)OC1=NC(=N)N2CC(O)C(O)C(O)C2C1.O=[P](O)O.Oc1cccc(Cl)c1O TargetDiff 6FHK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71136 CC1C=CC2=C(C=C1)N(C1=NC(O)(c3ccc(C(N)=O)cc3)c3nc(C(CC(=O)O)C(=O)O)ccc3C(N)O1)C(=O)C2 TargetDiff 6FHK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71137 CC(=O)CC(CCO)COCC(O)CC(O)CO.O=P(O)(O)C1=CC=CCC=C1 TargetDiff 6FHK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71138 CC1=C2CCC3CCCN(C)C(=O)C4CC=NC5C(CCC5N(C(=O)C1)C(=N2)C3)C4CN TargetDiff 5VC3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71139 CC1CC(C2=CC(=O)C(O)=C3C=NC(F)=CC23)CC(=O)C1(C)O TargetDiff 5VC3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71140 CN=C1CS[C@@H]2C(=C3CNC(=NC(C)=O)N3)C3C=CNC=CC3=CC12 TargetDiff 5VC3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71141 CC1=C(O)CN=C2CC3=C(C4=c5cc(F)cc(C)c5=NC4=N3)C21 TargetDiff 5VC3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71142 CCOc1c(Cl)nc(C)c2c1C1=C(NCNC3CC(O)C(=O)C3(C)O1)C2=O TargetDiff 5VC3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71143 COc1ccc2c(c1)C1C(NCCC1N1C(=O)CC(OC)CC1=O)C2c1cccnc1 TargetDiff 5VC3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71144 COC1CCC2=C1NC(=O)C1CC3C/C1=C(/N2)N(O)c1ccc(C)c(c1)CN(C)CCC(N)C3 TargetDiff 5VC3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71145 CC(=C=C1C=CC(F)=CC1)CC(F)CNC1=NCCC1 TargetDiff 6GGF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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