Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
71026	CCCC1CC(CO)C(CO)(C(O)C2OC(O)(O)CN2C(=O)O)C1	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71027	CC1=C2NC3=NC(=O)NC(OC(=O)C(O)C(O)O)C3C2OC1CCO	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71028	CC1CC(C(O)C(O)CC2=CNC=NC2)C(O)C(C(O)C2CCC(F)C2)O1	TargetDiff	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71029	O=C(CCCO)OC1C(O)C(O)C2(C(=O)O)C(O)C(C(=O)O)OC12	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71030	CCC1CC2NC(OS1(O)O)C(O)C1=C(O)CCC1C1C=NC=CC21	TargetDiff	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71031	COC(=O)C1OC(C(C)C)C(O)(O)OC1C(CCC(=O)O)OCCC(=O)O	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71032	CCOCCC(=O)NC(C(CNCCC1CC(=O)C(C)C1)C(=O)O)C(O)C(CO)CCO	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71033	O=C1OC(CO)OC(P(=O)(O)OC(=O)C(C(=O)O)C(O)C(O)C(CO)c2ccccc2)O1	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71034	C=C(O)CCCCC1C(O)CCCC1CCCCCNC(=O)CCC(C)OP(O)O	TargetDiff	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71035	CC(O)CN(C(=O)C1C=CCC=C1)C1OC2=CC(C(C)O)C=CCC2C1C(C(=O)O)C(C)C	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71036	CC(N)c1ccc(N)cc1C(N(CCCC(=O)O)c1ccccc1)[PH](=O)O	TargetDiff	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71037	NC(OC1=NC=C2CC(O)(C(=O)O)C2C1)C1CCC(C(=O)O)O1	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71038	CC1NC(=O)CC2(CCNC2C)COC(O)(CC(=O)OP(=O)(O)O)C(O)C(C)C(C)C1O	TargetDiff	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71039	CCC(C)CCCCC1CC(NO)C(C(O)C(C)O)C(=O)N1c1ccccc1	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71040	Cc1cc(C(=O)OC(C)CO)cc(C(C)C(C)C(O)COP(O)O)n1	TargetDiff	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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