Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
70996	NC(=O)CC(O)C(O)C1OC(C(CO)CO)C(O)(O)C1(O)COP(=O)(O)O	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70997	COC1=CCC(C2CC3=C(CC(C)(CO)C4=CCC=C(C)C43)C(O)CC2(O)CO)=CC1	TargetDiff	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70998	O=C(O)C=C=C(NC(C(O)C(O)C(O)CO)P(=O)(O)O)C1=CCC=CC1O	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70999	O=C1OCCC(O)C2NNC3=CCC=CC3n3c(=O)c4c(n3CCC=C=C12)SCC4	TargetDiff	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71000	CC1COCC(=O)OC(CP(=O)(O)O)OC(OP(=O)(O)O)C2(CO)OC(C)C(O1)O2	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71001	CC(=O)CNOC(C(=O)C(C)O)C(O)C(C)C(O)C1(O)OC(CCO)C1O	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71002	O=C(OCC(C(OC(CO)CO)C(O)CO)C(O)(O)CO)P(=O)(O)O	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71003	O=C(O)CCOC1CC=CC(C2CCC(O)C2CO)C1Cl	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71004	CC1(O)OC(C(O)C2CC(O)(O)C(CC(=O)O)O2)C2CCCC2CC(O)C1O	TargetDiff	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71005	CC1C(=O)OCOC2=CC(NCCC(C3C=CCC=N3)CC(=O)NC1(O)O)C(O)=CC2	TargetDiff	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71006	CS(O)(O)NC=C=CC(O)C=C=CC1(O)OC(CP(=O)(O)O)C(CO)C1CO	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71007	CCCCC(OC)C(=C=C(C)O)C(=O)O	TargetDiff	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71008	N=C1CC=C(C(=C=CC(O)C(=O)O)C2NC(=O)CO2)N=CN1	TargetDiff	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71009	CN1C#CC2N3COC2(CCC3=O)S(O)(O)NC(=O)C(=O)OC2C(O)C(C(O)C(O)(O)O)C3OC1SC23	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71010	CC(OC(C(O)CO)C(CC(=O)O)OC(=O)O)C(N)=O	TargetDiff	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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