DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
72076 O=C(O)Nc1ccc(O)cc1 TargetDiff 6R11 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72077 OC1C=C(F)C(CCCC2CCCC2O)OC1 TargetDiff 6R11 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72078 O=C1NC(=O)C(O)C(C2(O)CC(O)CC(O)C(O)O2)N1 TargetDiff 6R11 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72079 CC(CC1CC(=N)C2=CC=COC21)C1C=CCC(O)=C1 TargetDiff 5EF7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72080 N=CC(CO)OC(=O)C1CCC(C2(O)OCCC2(O)O)CC1 TargetDiff 5EF7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72081 CCC(=O)CC1(C)CC(C2CCNC(C(=O)O)CC2(F)F)CCC1C TargetDiff 5EF7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72082 COC1CC(=O)OC1COc1cnc2cncnc2n1 TargetDiff 5EF7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72083 COC1=CC(C(=O)O)C(Cl)C(CNC(=N)CCC(=O)O)=C1 TargetDiff 5EF7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72084 CCCC1C(CC2CCN(C(O)(O)C(=O)O)C2)C(=O)C(N(C)CC(C)=O)C1C TargetDiff 5EF7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72085 NC(=O)CCCc1ccccc1.O=C(O)CF TargetDiff 5EF7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72086 CC1CCCC(C2CCC(C3CCC(CC(C)C(=O)O)C3)C2C)C1 TargetDiff 5EF7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72087 Cc1cc(C2CC3COCC3C(CCC3C=CCC=C3)N2C)ccc1C1C/C=C(/O)CCCCC1 TargetDiff 5EF7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72088 CC(C)CC(C)c1ccccc1NC(=O)C(N)C1=NC(=O)C2NC(=O)CC2=C1 TargetDiff 5EF7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72089 COc1nc(C)c(C)c2c1NCCOCC2 TargetDiff 6P9E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72090 O=C(NC1=C(C2CCC2=O)CC2=C1N=CNC1C(O)CCCC21)c1ccccc1 TargetDiff 6P9E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

72076 to 72090 of 73725 items. Total 4915 pages.