DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
72061 CCC1=Cc2c(nc3c(c2OO)CC2=CC(O)C(O)C(O)C23)C2OC3=CC=CCC=C3C2=C1 TargetDiff 6RIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72062 Cc1ccc(N=C(CO)CC2CCCO2)cc1 TargetDiff 6RIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72063 OS(O)(O)NCCOc1cccc(NC2=CCC=CC(c3ccccc3)=N2)c1 TargetDiff 6RIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72064 CC1=CN2C[C@H](N=CO)C[C@H]2[C@H]2C=C3CC=CC=C3C=C12 TargetDiff 6RIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72065 CC(=O)N(C(=O)N[C@H]1C=CC(C(=O)O)=CC1C(O)=C1CC=CC(F)(F)C1)[C@H](CC(=O)O)[C@@H](C)CCP(O)O TargetDiff 6RIH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72066 N=C(C=C1CCSC1)CCNc1ccc2c(n1)CC=C(C(F)(F)F)C=C2 TargetDiff 6RIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72067 O=C(O)C1=CC=CC(=C[C@@H](O)[C@@H]2CCC[C@H](F)CN2)C1 TargetDiff 6RIH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72068 O=C(O)C1CCC(Cc2ccc3c(c2)=NC2=C4C=CCC5=C4C(CC5)N2C=3CO)CC1 TargetDiff 6RIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72069 CO/C1=C2\NC=NC(=O)C2NC(=O)CN2CCC(=O)N2NC2C=CC=CC2O1 TargetDiff 6R11 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72070 O=C(O)CC1CCC(C(=O)O)O1 TargetDiff 6R11 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72071 CC1C(=O)OC2=C1N=CC=CC2 TargetDiff 6R11 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72072 c1ccc2c(c1)OC1CCOC21 TargetDiff 6R11 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72073 CN.NC(=O)c1ccccc1 TargetDiff 6R11 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72074 Cn1cnc2ncncc2c1=O TargetDiff 6R11 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72075 O=C(O)CC1COC(=O)O1 TargetDiff 6R11 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

72061 to 72075 of 73725 items. Total 4915 pages.