Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
72091	C[C@@H](OC1CNC(=C[C@@H]2NC(=O)CO2)N1)[C@H](C(=O)O)c1ccc(N=C2C=N[C@@H]3C=C(CC(F)(F)C(F)(F)F)C(F)=CC3=C2)cc1	TargetDiff	6P9E	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72092	COC1C=CC(C2CCCC2C)=C2C=CCC=CC2=C1	TargetDiff	6P9E	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72093	CC(CC1OC2=C3C=CCC=C3C(OC(F)(F)CC(F)(F)F)C=C2C1(O)O)S(C)([O])[O]	TargetDiff	6P9E	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72094	c1ccc(C2=NC(C3CCCO3)Cc3ccccc3O2)cc1	TargetDiff	6P9E	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72095	C#N.O=C1C/N=C\COC2CCCC3=C(CC3)C2=C=C2C=C(C=C(O)C2)C2Cc3ccccc3N2C1	TargetDiff	6P9E	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72096	O=C1N=C2C=CCC=CC2C2CCCCC(O)C12	TargetDiff	6P9E	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72097	COc1cc2c3c(c1)N(CC(O)C(=O)O)CC=C3C=CC2	TargetDiff	6P9E	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72098	O=P(O)(O)C(O)C(O)C(O)C(O)CO	TargetDiff	4P6P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72099	CC1CC(O)C(Cl)=C(OC(=O)C(O)C(O)C(O)CCCC(=O)O)CN1	TargetDiff	4P6P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
72100	O=C(O)CCS	TargetDiff	4P6P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72101	CC1C(CO)C(=O)OC(=O)C(O)C(O)(O)CC(O)C(NC2CCO2)C(O)C1O	TargetDiff	4P6P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72102	CC(O)C(C)(CO)C(O)C1OC(=O)C(O)C1(O)C(O)(O)O	TargetDiff	4P6P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72103	O=C(O)OC1CC2(O)C(O)C3C(O)CCC3C(O)C2C1O	TargetDiff	4P6P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72104	O=P(O)(O)C(F)C1CC(CO)C(O)C(O)C(O)(OCO)C1O	TargetDiff	4P6P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72105	O=C(O)C1(O)C(O)C(O)C(O)(C(=O)O)C(C(O)F)C1O	TargetDiff	4P6P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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