Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
72031	CCC1C(C(=O)O)C2=C(C(=O)N1c1ccc(C)cc1)c1ccc3c(c1C2)=C(C1=NCNC1=O)CCN=3	TargetDiff	5N84	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72032	O=C1CN=C2N=CCC(CCOC3OC4C(=O)C3(O)C(CC(O)C(=O)OCc3ccc(F)cc3)C4O)=C2CN1	TargetDiff	5N84	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72033	CCC1=NC(=C2NCc3c2sc2cn(c(C(=O)C[C@H](C)CC)nc3=O)C3C=CCC4=NNN=C2C43)CN1	TargetDiff	5N84	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72034	CC(=O)NCc1ccc2c(c1)c1cc(C(=O)O)cc(-c3ccccc3)c1n2C1CCNC(=O)CNC1	TargetDiff	5N84	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72035	Cc1ccc2c(c1)C1C(C=N2)Cc2cc(OCC(C)N)c(O)cc2C2C(C)SC12	TargetDiff	5N84	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72036	COC1C=CCC=C1C1=NC=C(C2CNC(C)C2)C2C(=O)NC(C)C2N1	TargetDiff	5N84	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72037	CC1=C(C(=O)O)C=CC2=C3C(C=NO2)CNC(C2C=CC(=N)N=C2)C2CCC4CC(OC13)C42	TargetDiff	5N84	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72038	CCCCc1ccc2c(c1)C1C/C(F)=C\C#CC(C(=O)N(C)C)C3CC=C(O)C(C=C3CN1)CCN2O	TargetDiff	5N84	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72039	CC=CC1=CCN[C@@H]2CCC[C@@H](C3=C4C=CC(OCCC)=CC4C=C4CCCC4=C3)[C@@H]12	TargetDiff	5N84	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72040	O=C1CCOC2CCN3C4=CCC=C5OCC6C(NCCCO)=C7N=Cc8cc(O)c1c(c8C3N7N6C54)C2	TargetDiff	5N84	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72041	c1ccc2c(c1)CNN2	TargetDiff	4OWM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72042	C1=CCC2=CC=CC2=C1	TargetDiff	4OWM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72043	CC1Cc2cc3c(c(N)c2N1)C=CCC=C3	TargetDiff	4OWM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72044	CC1=C2C(=O)CCC3C=CCCCC3=C2C=CC1	TargetDiff	4OWM	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72045	C=C1CCC=CC1=CC(=O)O	TargetDiff	4OWM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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