DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
71986 COCc1cnc(NC(N)=O)c2cc(CN=C3C=CC=CC3OC)cnc12 TargetDiff 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71987 N=C1N=CN(c2ccccc2)CC(C2CCCO2)C1N1CCCC2=C1C=CCC(F)=C2 TargetDiff 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71988 C=C(C)C(CNc1c(C=N)ncc(C)c1C=O)N(N)c1cc(C)ncn1 TargetDiff 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71989 CCC1CNCCCC1C1CC2CC(CC3C=CCC=C3)=C3NNC(=C32)N1 TargetDiff 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71990 CC1=C2C(=NC(=N)C1)NC1=NC(=N)C(C3=C4CCSC4=CCNC3)NCC12 TargetDiff 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71991 CCNC1CC(C2CCC(CC)C(C(C)O)CC2O)C2CCCCC12 TargetDiff 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71992 CCCC1=NC2=NC3=C(C)CC4CCc5cc(F)ccc5C5NC(C2=C5C34)C1O TargetDiff 5KCB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71993 CC1CC(NNN2CC(C3C=CCc4ccccc43)CC3N=C(Cl)CC=C32)=NN1 TargetDiff 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71994 CCC(C)C1CC2=C(C=C3C=C(CN)CN=C3N3C(C)COC23)N1 TargetDiff 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71995 O=C(NC1=C(O)CCC2CCCCC12)c1ccccc1 TargetDiff 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71996 CC1CC=C2C(=CN1)C(C(=O)c1ccccc1)C1N=C3C(=CN21)Cc1ccc(F)cc13 TargetDiff 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71997 O=C1OC2C3C=CC=CC=C3CN(C3CC(O)CC(O)C3=O)C2CC1c1ccccc1 TargetDiff 5KCB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71998 CC1CCOC2CCC3C(CC(N4C=CC(CN)NC4)=CC3C(O)C(CO)CCOCO)CC12 TargetDiff 5KCB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71999 CC1=C[C@@H](C)C(=C2C=CCC(O)=C2)[C@H]2CC[C@H](C)C(=O)O[C@@H]12 TargetDiff 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72000 C=C1[C@H](CC(C)C)/C=C\C=C(/c2cccnc2)C[C@@H]2CC(=CCN(CC)C(N)=O)C(N2)C(=O)CC(=O)N1C TargetDiff 5KCB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

71986 to 72000 of 73725 items. Total 4915 pages.