DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
71941 O=C1C2CC(O)=CC=CC2C2=CN=C3NC4CSC5=C4C3C2N1CCCO5 TargetDiff 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71942 N=CN1CCCC(C2CNC(c3ccccc3)=NNC2=N)C1=O TargetDiff 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71943 CC(O)c1ccccc1CC1CC2C(=NCN1)N=Cc1ccccc12 TargetDiff 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71944 CN1CCC(C2CC(C(=O)NCCNC3COC(C4=CCCCN4)O3)c3ccc(F)cc32)C1=O TargetDiff 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71945 CNC1Oc2cc(C3=CN(C)N=CC3)c(C(O)C(N)CC(O)C3=CCC=CC3C3N=CCCC3Cl)cc21 TargetDiff 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71946 NC(c1ccccc1)S(O)(O)C1CC2CNNC2C(=O)C(c2ccccc2)N1 TargetDiff 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71947 Cc1nc2c(cc1O)CC1=C2NNC1CCNC1=NC(N)c2ccccc21 TargetDiff 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71948 N=C1C2=C(C=CC1O)C(NC1=C3CCNC3C=CN=C1)CN2 TargetDiff 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71949 CC1=CC(C)C2=NC(c3ncnc4c3=C3C(O)COC(C)N3NN=4)=NC(O)(F)C2=C1 TargetDiff 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71950 CC1=C(c2ccc(F)c(Cl)c2F)N=C2NCC(C=C3CNCN3)=C21 TargetDiff 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71951 CC1NNCCC2=C1N(C)CC2C1CN=C2NCC3C2=C1Cc1ccc(F)nc13 TargetDiff 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71952 CCCCN(COC)c1ccccc1C1(O)N=C(NO)C(=O)C1Cc1ccc(C)cc1 TargetDiff 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71953 CCCCC1(O)c2ccccc2C2C3CCC(OC)CC4=C3N(C=CN4)C2(O)N1C(C)COO TargetDiff 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71954 COC1C(=O)C(C)C(O)C(C)(O)C1C(=O)N1C=C2C(C(=O)C1=N)c1cnccc1C2(O)Nc1ccccc1 TargetDiff 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71955 CCC(C)NC(C1C=CCC=C1)C(Cc1ccnc2c1NC1=C(CC=CC1)N2)C1NCC2=C1NCC2=O TargetDiff 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

71941 to 71955 of 73725 items. Total 4915 pages.