Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
72706	CC1c2cccc3c2N(C(=O)C3C(=O)O)C2C=CCCC2C2C(O)C(O)C12	TargetDiff	4YX4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72707	OC(O)(C1[C@@H](C=CC=CF)C2CCCCNOC2C=C[C@H]1F)C(F)(F)F	TargetDiff	4YX4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72708	[O]S1([O])Cc2ccccc2C(C(=O)O)S1	TargetDiff	4YX4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72709	CC1C=CC=C(C(NC(C)(C)O)C2=NC(C(N)=O)CCC2)C=C1	TargetDiff	4YX4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72710	CCCC1CC(O)CC2C(C(=O)O)=Cc3c(ccccc3=O)C2O1	TargetDiff	6G98	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72711	O=C(O)C1C=C2C(=CC(C(=O)O)N=C2F)NC(C2CCC2)C1	TargetDiff	6G98	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72712	CC1CCS([O])([O])NC2CCC(O)(Nc3cccc(c3)OC3CC(OC3=O)O1)N2	TargetDiff	6G98	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72713	O=C(NO)C1=C(c2ccc3c(c2)CCC3)CC(C(=O)O)N=C1.O=[P](O)O	TargetDiff	6G98	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72714	CS([O])([O])NC1(C2N=C(S(O)(O)O)CN3c4ccnc5c4N(CC5)C23)C=CC(F)=CC1	TargetDiff	6G98	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72715	CC1=NN(O)C(OC2CCOCC2)N1C1N=CC=C(N)C1O	TargetDiff	6G98	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72716	Cc1ccc2cc1NC(=O)C1C=C(SC1)C(=O)N1C(=O)C(C2)C(O)C(O)C1O	TargetDiff	6G98	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72717	CC(=O)N=C[C@@H](NC(N)=O)c1ccccc1	TargetDiff	6G98	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72718	CC(O)C1C(O)=CC(C(=O)O)=CC2=C1C1C(O)CC3OCOc4cccc2c4C31	TargetDiff	6G98	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72719	[O]P([O])OP(=O)(O)O.[O]P([O])O[P](=O)OP(O)OC(=O)OC(O)C1C(O)CN1CC(=O)O	TargetDiff	5YFT	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72720	CN(C[C@@H]1C=NNC(=O)[C@H]1C(=O)NCC(=O)O)C(=O)OC(=O)C(O)=CC(=O)O.O=C(O)O	TargetDiff	5YFT	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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