DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
72676 CN(CC1CCCCCC1)C(=O)C(CO)=C1CC[C@@H](OCN)C1.ONC1C=CC=CC=C1 TargetDiff 5OS4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72677 CC1=CC2C(C=C1)CC1CCc3cc(F)c4c(c31)C(C(=O)N4)C2O.CCN TargetDiff 5OS4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72678 CC(C)C1CC2=CCC3C=CCC=C3C3CNCCC1C23 TargetDiff 5OS4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72679 COc1ccc(C2C3C=CC=CC=C3C(=O)C2(C)C)cc1 TargetDiff 5OS4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72680 CC1C=CCC(C23NC(CO)CN4C5=CCC=CC5=C(/C=C\CCC2O)C43)=C1 TargetDiff 5OS4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72681 CC(C)CCCCO.CCCC(CO)C1=CCC2OC(=O)CC3C(C)C(O)C(C)C(CC)(OC4CCC1C4O2)C3(C)OCO TargetDiff 5OS4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72682 CC1=C(O)C(C(C)C)C(C)C(N2CC3CCCOC3C2)C1Cl TargetDiff 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72683 COC1=C/COCCC(=O)C(c2ccccc2)C2=C(/C=C/1)C(O)C(O)=CC2 TargetDiff 5J27 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72684 CC1(O)CC2C=CCC=CC2C2C3=C=c4ncnc/c4=N/CCCC3CC2O1 TargetDiff 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72685 C[C@@]1(O)CCC2=CC=CC=CC2OC2=CC=CC3=NCC(=CO)C4=C(NC1C4)C23 TargetDiff 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72686 O=C1CCCN(C2CCNC2)C(=O)CCC(O)c2cnccc2N1 TargetDiff 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72687 CC1=C2CCC(C3NC4(CO)CN(O)C4C3C3C=CCC=C3)=C2CC1C TargetDiff 5J27 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72688 N=c1nc(NCC(O)Cc2ccc(O)cn2)nccc1O TargetDiff 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72689 O=C1NC2=C=C(CC=CC2)C(=O)C2C1CCN2c1ccc(Cl)cc1 TargetDiff 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72690 Cc1ccc(C2Cc3cccnc3CCC(C(=O)O)/C=C3/CCCC(O)(O)C2C3)cc1 TargetDiff 5J27 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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