DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
72616 O=C(O)C1C(O)C(O)C(O)(C(=O)O)C1(O)O TargetDiff 4XAR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72617 NC1CCC(O)(C(O)COC2=CCC=CC2)C=C=CC/C=C/C(=O)NC1=O TargetDiff 4XAR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72618 CC1OC(CO)C(=O)C(=O)OC(=O)C(O)C1O TargetDiff 4XAR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72619 OCC1C(O)C2COC3CC4CCC4(O)C3CC1(CO)C(O)O2 TargetDiff 4XAR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72620 O=C(O)CC[C@H]1OOC2Cc3cnccc3CC(=CO)[C@@H](O)[C@]3(O)[C@@H](O)C[C@@H]1[C@H]23 TargetDiff 4XAR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72621 O=C(O)C(O)C(O)C(=O)O TargetDiff 4XAR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72622 N=C1C=NC2O[C@@H]3[C@H](CO)C(=CCCO)C(=O)O[C@@H]3[C@@H](O)C(=O)OC2=N1 TargetDiff 4XAR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72623 O=C(O)CC1CC(O)(C(=O)O)CCO1 TargetDiff 4XAR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72624 CC[C@@H](O)C[C@@H]1C=NC(=N[C@H]2CCN(CO)C2)[C@H](c2ccccc2)[C@H]1S.c1ccccc1 TargetDiff 4MC9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72625 O=C(O)C(O)COC1CC2(O)CC(C3CCOC1C3)N(Cc1ccccc1)c1ccccc12 TargetDiff 4MC9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72626 COC(=O)CC1OC(C(O)C(=O)O)C(C(CO)C(CCC2C=CCC=C2)CC(C)C)O1 TargetDiff 4MC9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72627 CCCC1=C[C@H](c2ccccc2)[C@](C=C[C@H]2CCCS2)(CO)CC1 TargetDiff 4MC9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72628 O=C1CC(CO)CCC1C(O)C(O)C1CC2C=CCCC2C1 TargetDiff 4MC9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72629 COCCC(C1=CCC(C(=O)O)CC1)C(O)C(O)C(CC(C)=O)C1CCCCC1 TargetDiff 4MC9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72630 CCCC(CCC(C)C)C(CO)C(CO)OC1CCNN1.CCCCO TargetDiff 4MC9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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