DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
72631 CC=C[C@@H](C)NC(=N)[C@H](CC(C)C)SC[C@@H](c1ccccc1)c1ccc(O)cc1 TargetDiff 4MC9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72632 CCCC(CO)C(C)C(C(C)O)C(O)CCCNC(=O)CC TargetDiff 4MC9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72633 CC(O)CC1OC(O)(N2CC3NCOC3C2)C(F)C1(O)CCNS(C)(C)O TargetDiff 4MC9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72634 CC1=C(C)N2CC(O)(O)C(C(N)=O)C2C1 TargetDiff 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72635 CC1(N)CCC(C2CCCC2N)=C1C(=O)O TargetDiff 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72636 OCCNC(O)C1(O)CCCCC1CO TargetDiff 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72637 CCC1OCC2(O)C(O1)OC(O)(C(C)(O)CCCC(C)C(C)O)C(O)C(O)C2O TargetDiff 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72638 Cc1cc(CCC(O)C2CCCC(O)C2N)ccc1-c1cccc(O)c1NC(O)C(=O)NO TargetDiff 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72639 O=C1NN2CCCC(C2)C2=CC(=NC=CC2)NC(OO)OC1CCO TargetDiff 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72640 Cc1ccc2c(c1)C1=C(CCC1)C(O)(O)C(O)C2C TargetDiff 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72641 NC(C(=O)O)C(O)COc1ccccn1 TargetDiff 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72642 CCOC(CO)C(O)(CN)C1CC(C)C2CCC(=O)C2C1 TargetDiff 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72643 CCCN1CCC2=C(C(N)(O)C(=O)O)C=C(C3CCC3)C=CC21 TargetDiff 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72644 OC1C2CCCCC3CC4CCCC5NC(CC(O3)C45)C3(O)C(O)C(O)C(C(O)C(O2)C1O)C3O TargetDiff 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72645 COC1C(C2=C3CCC(N)C=CC3C(=O)N=C2)c2ccccc2CC(C)CN1O TargetDiff 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

72631 to 72645 of 73725 items. Total 4915 pages.