DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
72661 NC1C2CCN(C2)C(=O)OCCCC2C=CC(C=C2)C2C=CCC=C2NC(=O)C(O)C1O TargetDiff 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72662 CC(C)C(C)C(=O)NC1C(O)C(=O)CC2C3=C(C=CC(O)C=C3)C3C(=O)C=CC=C3C21 TargetDiff 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72663 CC1=Nc2ccccc2C2NC3=NC4=C(CC=CC4)NC3S(O)(O)NC12 TargetDiff 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72664 CC(=N)N1CCC2=C1C(CCN)C(O)(O)C2 TargetDiff 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72665 Cc1cc(C(=C=CC2=C(O)CNC2)N2CC(=O)NC(OC3=C4CCC4N=CC3)=N2)ccn1 TargetDiff 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72666 CC1OCC2CN(C(=O)CCC(F)C3(O)CC4=C5CC6CNC6C6=NCC(N65)N4c4ccccc4OC3=O)CN21 TargetDiff 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72667 CC1(O)C2CCC(O2)C(=O)OCCc2cccc(c2)CCC(O)C1O TargetDiff 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72668 CC1CCOC2N(C)C3=C4C(CC5c6ccccc6CC(O)(O)C6(O)C5C4C6N12)OC3 TargetDiff 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72669 NC(O)C(CC1CCNC1c1ccccc1)NC(=O)C(=O)O TargetDiff 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72670 O=C1NC2C=CCC=C2C(CC(O)C(CO)CCO)C1O TargetDiff 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72671 Cc1nccc2c1NCC(O)C(O)C(NO)C1N(c3ccccc3)CN1C1CCC(C1)C(=O)NN2 TargetDiff 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72672 N=CNC(=O)N=C(F)[C@](F)(N[C@@H](F)[C@@H]1CCNC1)C(F)F TargetDiff 5OS4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72673 CCCCC1CC2c3ccccc3NC3CCCCCC3OC2O1 TargetDiff 5OS4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72674 CC(O)C(C)O.N=C1NN=c2c(O)c(O)cc3c2=C(N1)N(c1ccccc1)C3CO TargetDiff 5OS4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72675 CC1CCCC1.Cl.O=C(O)C1C2C=CC=CC2=C2OCCN2C1(O)Cc1ccccc1 TargetDiff 5OS4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

72661 to 72675 of 73725 items. Total 4915 pages.