DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
72721 O=C(O)CC(O)(CC(=O)OP(=O)(O)OC1=CC=C2CC(C(=O)O)CC2C1O)CP(=O)(O)OP(=O)(O)OCOP(=O)(O)O TargetDiff 5YFT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72722 O=CC(C(O)CP(=O)(O)O)C1OC(C(O)(F)OP(=O)(O)O)OC1=O TargetDiff 5YFT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72723 CC(=O)C(O)C(O)C(O)(O)C(O)C(O)CCOP(=O)(O)O TargetDiff 5YFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72724 O=C(COP(=O)(O)O)C(O)CO.O=COC(O)C(O)OP(=O)(O)O TargetDiff 5YFT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72725 O=C(O)C(O)CC(OC(=O)C(O)COP(O)(O)(O)O)C(O)COP(=O)(O)O TargetDiff 5YFT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72726 CN[C@H](C)C(=O)OC[C@@H](O)CC(O)(O)[C@@](O)(NCCOCC(=O)[C@H](O)C(=O)OC(=O)O[C@@H]1CCNC1)C(O)=CC(=O)O TargetDiff 5YFT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72727 O=C(O)P(=O)(O)OC1CC(O)C(O)C(C(O)P(=O)(O)O)O1 TargetDiff 5YFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72728 O=C(O)C(=O)CC(O)C(O)C(O)C(O)C(O)CCC(OP(=O)(O)O)P(=O)(O)O TargetDiff 5YFT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72729 O=C(O)Oc1ccc(O)cc1 TargetDiff 5XG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72730 O=C(O)C1CC(O)C(O)C(O)C(c2ccccc2)C1 TargetDiff 5XG5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72731 CC(C(=O)O)C(C(=O)O)C(=O)O TargetDiff 5XG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72732 CC(=O)O TargetDiff 5XG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72733 CC(O)CCC(=O)O TargetDiff 5XG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72734 Nc1c(O)ccc(O)c1O TargetDiff 5XG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72735 CC1=C(C(N)=O)C(CO)NN1 TargetDiff 5XG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

72721 to 72735 of 73725 items. Total 4915 pages.