DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
73201 O=C1CC2(O)CC(CO)CC3OC1CC2OC3=O TargetDiff 3L3N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73202 O=C(O)C1C(O)CC(c2ccncn2)N1OC(O)(OCCNCO)C(=O)O TargetDiff 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73203 O=C(O)C1=CCC=NC1 TargetDiff 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73204 O=C1CC(O)(O)C2OC(O)CN12 TargetDiff 3L3N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73205 NCC(=O)C1C=CCC=C1O TargetDiff 3L3N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73206 OCC1(O)CCC2C3=NN4C5CCC(O)NC=C5CC(O)C4(O)C(O)=C3SC2CC1F TargetDiff 5L9L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73207 CCC[C@H](CO)CN[C@@H]1C[C@@H](N[C@@H]2C=CCCC2)[C@@H](O)C(=CC(=O)O)[C@H]1C TargetDiff 5L9L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73208 CCO[C@H](CC)[C@@H](O)[C@H](O)N=C1[C@H](O)OC2=N[C@H]3CC(O)C[C@H]3N21 TargetDiff 5L9L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73209 O=C1C(OC2CCCC2O)C(O)C2C(O)C3NCCCC3N12 TargetDiff 5L9L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73210 CC(C)C1CCCC1C(N)CC(N)C(O)CC1=CCNC(=O)C1 TargetDiff 5L9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73211 CCNC(=O)C1CC(O)(CNC(=O)C(=O)C2=C(C)NNC=N2)C2=C(OC)CCC2O1 TargetDiff 5L9L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73212 O=C1CCNN1CC1C(=O)C(O)(C(=O)Nc2ccccc2O)C1O TargetDiff 5L9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73213 O=C(NNC(=C=C1C=CCC=C1O)C1CNCN1)C(=O)NC1CCCCC1=O TargetDiff 5L9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73214 COc1ccc(O)c(NC(=O)N2C(C)c3ccccc3CC(O)C(O)C2O)c1 TargetDiff 5L9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73215 COC1C=NC2=NC(CC(O)C(C)C)C(=O)C2=C1O TargetDiff 5L9L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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