Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
73216	CC(=O)N1CCCN(C)C(=O)N/C=C\C=C=CC2NC(=O)c3c(O)ccc1c32	TargetDiff	3WHA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73217	CC1CCCNCC(O)C(O)C(CO)C(CO)OC2CC3C(C(=O)O)OC4CC=CC(C)(C(=O)C1C)C4CC23	TargetDiff	3WHA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73218	CCCC1=CC2=C3C=CC=C(O)C3OC3OC=CC(C)C3N2c2ccccc21	TargetDiff	3WHA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73219	NC1=CC=CC2C=C(C(C3=CC=CC=CC3Cl)C3Nc4ncc(Cl)cc43)C=CC2=C1	TargetDiff	3WHA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73220	CCN(C=O)C(=O)C(C)OC(=O)CN1CCC2C(C3C(=O)Cc4ccccc43)C=CC(=O)C21	TargetDiff	3WHA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73221	CC(C)CCc1cc(F)ccc1C(=CO)[C@]1(O)C2=CC=CCC=C2[C@@H](Cl)O[C@H]1C[C@@H]1CCO1	TargetDiff	3WHA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73222	CCN1C(=O)N2C3=C(C=C(F)C4CCC(C34)C(C(=O)O)C3C=CC=CC32)C2C(C)CC(O)C21O	TargetDiff	3WHA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73223	CCC(C)/C1=C/C=C=C(C)C2=CC3C(=NC(=O)C4C3C3CC5(CC3(O)C4(C(C)=O)C5O)C(C)CC1)CC=C2	TargetDiff	3WHA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73224	CC1CC(CC2CN(CO)OCC3C(C)C4C3C(=O)N3C4COC3(O)Nc3cccc(c3)C3CCC4CC=C(C=C43)C2C)O1	TargetDiff	3WHA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73225	CC1(O)C(O)=C=C2CC3(F)C(CC/N=N\2)CC(CCO)=CC13	TargetDiff	5EGU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73226	COc1ccc2c(c1)C1C3=C(C2=O)C(=O)N(C)CN3C1C(=O)C(C)O	TargetDiff	5EGU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73227	CC1=C(N)C2C(=CC=C1)CC1=C2C(C)NN1	TargetDiff	5EGU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73228	O=C1C2C=CCC=C2N2C3CC=C(O)C=CC3=C(C(F)F)C2N1C1C=CCC=C1	TargetDiff	5EGU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73229	CC(=O)C/C1=N/NC(=O)C2C(O)=CC(C)C=C2/N=C/OC2=C(OCC2=O)OC1	TargetDiff	5EGU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73230	N=C1NCC(C2C=C3C=C(F)C=CC3C3=C2CCC3O)N1	TargetDiff	5EGU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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