Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
73246	CC1CCC2C(=C3C=CCC=C3N2CO)C2=CCN=CC2C2C=CC1C(C)C2CO	TargetDiff	5OSE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73247	CC1CCCNCC2C(=N)C(C3CCCCN3)NC12	TargetDiff	5OSE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73248	NCOc1ccccc1C(=O)NC=CCO	TargetDiff	5OSE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73249	CCCC1=C=CC/C=N\C2CC(O)C(C2)C2=CC=NC(=C=C/C=C\1C)C2	TargetDiff	5OSE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73250	CCN[C@@H]1CCC(=CC[C@@H]2C[C@H]3COCCN32)C1.C[C@H]1CCC(=O)O1	TargetDiff	5OSE	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73251	CC1CC2CCC2C2OCCC3C(=O)C(C4C(CCO)CC5CCC54C)CC1(O)C32	TargetDiff	5OSE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73252	C1CCCC1.COCC1=CC(C2C=CCC(OC3=C(O)CC=NC3)N2)=NC(=N)C1C	TargetDiff	5OSE	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73253	CCC[C@H](C=NCCCOCC)C1C=CCC=C1	TargetDiff	5OSE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73254	CCCC=NN=C1C=C2CNCC[C@H]2[C@@H](CCN=C2NCC3=C2CCN3)[C@@H]1C	TargetDiff	5OSE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73255	COCCC(F)=C1C=C([C@@H](O)[C@@H]2CCC(=O)N(O)C2)C(O)=CC1[C@@H]1SC2=C(N[C@H]3[C@@H](O)CC[C@@H]([C@@](O)(CO)C(=O)O)[C@@H]23)C1=O	TargetDiff	6M8Q	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73256	CC(O)C(O)CC(=O)OC1CC(O)C2(O)C1CCC1C3CC4CC(O)C5C(CC(C)(C)C)OCCC(=C3C45O)C12	TargetDiff	6M8Q	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73257	CC1CC(C(O)CN2C(=O)C(=O)CC3=C(C4CC=C(OC(C)(C)O)c5ccccc5C4=O)CN=C32)N(C)C1	TargetDiff	6M8Q	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73258	CCCC(=O)C1C=CC(C(=O)N[C@H](CC=C2CCCO2)c2ccc(O)cc2)C(=O)N1C	TargetDiff	6M8Q	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73259	OCCCCC1NCCC2=NC3C(=C(O)C21)C(O)CC1CCNC13	TargetDiff	6M8Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73260	CS(=O)Nc1cc(C2CC(C(F)C(F)F)C(OC(c3ccc(O)cc3)C(F)F)C=N2)ccc1ON	TargetDiff	6M8Q	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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