Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
73276	CC(=O)[C@@H](CO)N1CC2C(=C(N=C(N)N)C(C)=C[C@@H]2NN)C1=O.N[P](=O)O	TargetDiff	4RHX	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73277	CCC=C(O)CO[C@H]1C[C@H](CC[C@@H](OC(=O)[C@H](O)[C@@H](CC(=O)O)C[C@@H]2C[C@H](C)CO2)C(=O)NO)[C@@H](CC)CC[C@H]1C(=O)O	TargetDiff	4RHX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73278	[O]P([O])OC(Cc1ccc(O)cc1)OC1C(C(O)C(=O)O)OC1C(O)C(=O)O	TargetDiff	4RHX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73279	CCC[C@@H](C[C@@H](c1cccc(CO)c1Cl)N(C)COCO)S(N)([O])[O].CCOC=NC(=O)CCC(=O)O	TargetDiff	4RHX	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73280	CCC1CCC2C(CCC2OC)CS(N)(O)OCC(C)(O)C(=O)OC(CC(C)C(=O)O)C(=O)O1	TargetDiff	4RHX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73281	NC(=O)CNC(=O)C(NC(CNC(=O)CNCC(=O)O)CC(=O)O)c1ccccn1	TargetDiff	4RHX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73282	CC(CC(C(=O)O)C(O)NC(CCO)CC1=NCC(O)=CC1NCCC(NCC(=O)OCO)C(=O)O)C(=O)O	TargetDiff	4RHX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73283	CC1CCNC(C(=O)O)CC/C=C/C(C)C(C)C2CCC(C2)OCC1.O=P(O)(O)CCC1C=CC(CO)C=C1	TargetDiff	4RHX	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73284	OC1CC2=C3N1CCC(C1CC(C4=CCC=CC4)N1)N3C(C1C=CC=NC=C1)C=C2	TargetDiff	4O3F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73285	CC(O)CC(C)N1CC2Cc3cc(C4=NCCCC4)cc(C4C=CC(F)=C(F)C=C4)c3CC21	TargetDiff	4O3F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73286	COC1=CC2CC3CC4OC3(CCC4C(=O)ON(C(=O)CCCC3=CCCCC3)c3cnc4c(c3)N=CCN=C4)C2=CC1	TargetDiff	4O3F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73287	C[C@@H](O)COc1cc2c3c(c1)C[C@@H](CO)CN3C(=NC1=NCCC1)C2	TargetDiff	4O3F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73288	CCCOc1ccccc1C1C2=C(CN1CNC1=CCC=CC1)c1cnccc1C2	TargetDiff	4O3F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73289	Oc1ccc2c(c1)C1C=CC=C3C4C=CC=CC4N(C4=C2C=CC(C2CCCN2)C=C4)C31	TargetDiff	4O3F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73290	CC[C@@H]1C[C@@H]2C[C@H]3OC(=CC4CCC(C(=O)O)C4)N(C)C4=C3C(=C(C)[C@@H]4c3ccc(F)cc3)OC[C@@]1(O)C2	TargetDiff	4O3F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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