DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
73321 CC1=CC(=NOC(CCC(F)F)CC2=C(F)CC3=C2CC[C@H](CCCCC(N)=O)C(O)C[C@@H]3C(=O)O)C=CC1 TargetDiff 4PHU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
73322 CC1=CCC(O)CN2C(C3C=CC(OCC(C)C)C=C3)CC(C(O)CO)C(C(=O)O)C12 TargetDiff 4PHU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73323 CNCC(=O)NCC1CC2=C(C1)C1CC(N)C(O)(O)C3CCC(O2)C(O)C13 TargetDiff 4PHU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73324 N=CC1CCC(CNC2=CCN(C(C(=O)O)C(=O)O)C3=C(F)CC=CC3=C2)C1 TargetDiff 4PHU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73325 CC(O)CCOc1ccc2c(c1)C(O)CCOC(CO)COC(=O)C1OCC(O)CC1C2 TargetDiff 4PHU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73326 O=C(NC1=CCC=C(F)C1)c1cccc(O)c1C(O)C(O)C(=O)O TargetDiff 4PHU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73327 CC1CC(=O)N2C(c3cccc(Cl)c3)OCC3C(C(=O)O)C(=O)C(=N1)C32 TargetDiff 4PHU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73328 C=CN1CC[C@]2(CO)C[C@@H](O)C[C@@H]2C1=N[C@@H]1CC(C(C)C)CO1 TargetDiff 4PHU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73329 CCCCCCOC1=CC2CC(O)C(O)C(O)=C2C=C1 TargetDiff 4PHU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73330 COc1ccc2c(c1)C(=O)N1CSC3=C1C1C2=CC(=O)NC1=N3.NCc1ccccc1 TargetDiff 4PHU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
73331 O=C1OC2=C(C=CCC=C2)N2C=C3CCCC3=CC12 TargetDiff 4OWV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73332 COc1ccc2c(c1)C1CCCCC(O)C(=O)N1C2=O TargetDiff 4OWV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73333 CCC(O)CC(O)C1CC2C3=CC=NC(=O)C3CC2C(O)(O)C1 TargetDiff 4OWV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73334 Cc1cc(O)c(O)c2ccccc12 TargetDiff 4OWV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73335 N=NC1=C(C(=O)O)C=CCC=C1 TargetDiff 4OWV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

73321 to 73335 of 73725 items. Total 4915 pages.