Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
73351	N=CC1C=CC=CC2=C1C1=NN=Cc3cccnc3C1C2	TargetDiff	5U28	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73352	O=C1c2nccc3c2C2=C4C(C(O)C=C2OC3)C(O)C2CCOCCN2C14	TargetDiff	5U28	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73353	COC1=CCC=CC1OC(OC1CC(O)CO1)C1NC2=C1C(=O)NC2OC	TargetDiff	5U28	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73354	C=C(O)C(=C=O)CC1=C2CC(F)CC(=O)C2(C)C2=CC3CC(=O)CCC3C=C21	TargetDiff	5U28	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73355	CC1=CC2=C3C(CCC2)COC2=C4C(CCC1C34)NC2	TargetDiff	5U28	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73356	O=C(O)C1C2=CC=CC=C3OC(=O)C4(CC5=C(CN14)C1=CCC=CN1N5)C32	TargetDiff	5U28	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73357	CC1C=CC2C3=CC=CN4NC5=NC=CC(C2=C1)C5=C34	TargetDiff	5U28	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73358	CC1C=CC(C2C=CC=C(N(C)C)C2)C2=C1NC(=O)NC1C(=O)c3cccc4c3C1C(C4)O2	TargetDiff	5U28	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73359	CC(OC(=O)C(COCC(C(=O)O)c1ccc2c(c1)OCC2)COP(=O)(O)O)OC(=O)C(C)(O)CP(=O)(O)O	TargetDiff	5EVZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73360	O=C1CNC(NC(C(=O)OP(=O)(O)O)C(O)CCCOP(=O)(O)O)=CC=N1.O=P(O)(O)O	TargetDiff	5EVZ	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73361	CC1NC2=C(C1=CO)[C@H](CO[C@@H]1[C@H](O)C[C@@H]3[C@@H](CN3C(=O)C(=O)O)C(=O)[C@@H]1CCOc1cccc(P(=O)(O)O)c1)C=CC=C2	TargetDiff	5EVZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73362	N=C1CN(C(=O)C(CO)CCOP(=O)(O)OP([O])[O])CNNC1=N	TargetDiff	5EVZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73363	N=C1NC(C2OC(COP(N)(=O)O)C(O)(OCOP(=O)(O)C(=O)OP(=O)(O)O)OCC2(O)O)C2=C1NCN2	TargetDiff	5EVZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73364	CC1N=CNc2c1nc1n2C(=O)C(O)(COC(O)C(O)O)CC(C2OC(=O)C(C(O)P(=O)(O)O)C2O)COC1C(O)CCO	TargetDiff	5EVZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73365	COP(=O)(NP(=O)(O)O)OCOC1OC(N2C=CCC=N2)C1N1NC=C2CNC(=N)C2C1=N	TargetDiff	5EVZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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