Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
73366	N=C1N=CN=C2N=NC(CCC(CC(O)CCC(=O)O)C(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)O)=C12	TargetDiff	5EVZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73367	CCC(O)(C(=O)O)C(O)C1(C)CC2C(CC1C)C(=O)C(OC1CCCOCC1)C1C(O)COC(=O)C21	TargetDiff	6H1D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73368	CON=C1N[C@@]23CC[C@@](c4cc(C)nc5c4CCOCN5)(NC2)C(=O)[C@H](O3)[C@H]2C(=CC=C(F)[C@@H]2F)OC2C=C([C@H]3CCNC3(O)O)CC=C12	TargetDiff	6H1D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73369	COC1OC2(C(C(=O)O)C(=O)OC(c3ccccc3)C2O)C1(O)COC(CO)C(O)CO	TargetDiff	6H1D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73370	C[C@H]1[C@H](C=CC(C)(C)O)[C@@H](C)CN1C[C@]1(O)CCCC(=O)O1	TargetDiff	6H1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73371	CC1CN2C(C3CC(n4c(F)cc(Cl)cc4=N)=CC(N)C3)CC3(Cc4cnnc5c4C3C=CC5O)CC2C(O)C1O	TargetDiff	6H1D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73372	CCCCNC(c1ccccc1)C1CC(C(C)NC(=O)O)O1	TargetDiff	6H1D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73373	NCOCN1CCC(O)C2OC(CCC(=O)N(O)CN/N=C\1C1C=CN=C3NCCC31)C(N1CNCN=CC1=O)O2	TargetDiff	6H1D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73374	NC1(C(=O)O)CNC1(O)C(O)C(C(=O)OCC(C(O)C(=O)O)C(O)C(=O)NC(=O)C1C=CC=CC=C1)C(O)O	TargetDiff	6H1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73375	NC(C(=O)O)C1CC2OCC(=O)/N=C(/CC3CCCO3)C(O)C2CC(O)O1	TargetDiff	6H1D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73376	CCOCC1OC(C(=O)N(CC)C(=O)CO)OC12OC(C(O)C(=O)O)C(O)OC(CC(C)CC(=O)O)C2O	TargetDiff	6H1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73377	CC=C1Nc2cc(ccn2)N(C(F)(F)F)/C=N/NC2=CC[C@@H](C=C2)N(C(=O)N2CCCCC2=S)N1	TargetDiff	5OM2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73378	O=C(O)CC1CC2=C(N1)SCC2Cl	TargetDiff	5OM2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73379	COc1ccc(N=C2C=CC3CCN4C(=N)NNC4=C3[C@@H]2C)cc1	TargetDiff	5OM2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73380	CCOC1C=C2C(=C3C(OCC)C=NC4=NCCN4C3C(C3C=CCC=N3)C2O)CC1	TargetDiff	5OM2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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