Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
73306	CC1=C2C3=C(C(C(=O)O)C2C(F)=CC1)n1c(nn(O)c1=O)C3C.O=c1cncco1	TargetDiff	4O3C	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73307	NC1CC2CNCCC3OC(C(=O)O)C(C(O)C1C(=O)O)C23	TargetDiff	4O3C	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
73308	CN1CC2CCC(C(O)(O)O)C3C(CF)C(C(=O)O)=C4C=CC=C1C4N23.O=C(O)C1CCOC1=O	TargetDiff	4O3C	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
73309	N=C1OCC(O)C2OC(C(CN)C(=O)NO)CC(OP([O])[O])=C12	TargetDiff	4O3C	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
73310	O=C(O)C(O)C1NNc2nncc(C3CNC(C(=O)O)C(O)C3)c21	TargetDiff	4O3C	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73311	CC(=O)CCC(NC1CC2c3nccc4oc(=O)cc(c34)C12)P(=O)(O)O	TargetDiff	4O3C	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
73312	COC1=CC2C(=O)C3=CC=C4CC5CC4C3N(CCCC(C(C)(O)F)CC(F)C(F)C5=O)/C(C)=N\C2C=C1	TargetDiff	5EN3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73313	CC1C(O)=CC2C(=C1O)C1(O)CC3C(=O)N4C5=C(C=NC=CC5)CC4CC(C31)C2(O)C(=O)O	TargetDiff	5EN3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73314	C=CC1C=CC(=O)CC1N(C(=O)CO)C1=CCC=CC1CC(C)C1=CC(C(=O)O)OC1	TargetDiff	5EN3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73315	CC1=CCC(C2=C(Cl)C=C3CC(C(=O)O)C4CC(O)(O)CCOC(=C2)C34)CN1C(=O)C1C=CCC=C1	TargetDiff	5EN3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73316	COc1ccccc1C1=C2C=CN=C3C4C(O)C(=O)NCC4C(CC=C=CO)=C(N1)N32	TargetDiff	5EN3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73317	O=C1C=C=C2C(C(=O)OCC2C2C=CC3CCC(OCO)=C=C4CC(F)=CC2=C43)C(O)=C=C1O	TargetDiff	5EN3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73318	O=C(O)C1CC(C(F)(F)F)OC23CC(F)OC4C5C6=C(C=CC(O)C=C6)C=CC5C(CCC12)C43	TargetDiff	5EN3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73319	O=C(O)C(O)OC1C(CO)CC2CC3=C(C4=CC=CC=CC4=CO3)C(Cl)C21	TargetDiff	5EN3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73320	CCC1(C)C(C(=O)O)CC(C(=O)O)C1(O)C1=CC(C(C)(O)CCOCF)C=CC=C1	TargetDiff	5EN3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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