Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
73261	CCCNCC(Cc1cccc2c1OCCC2)C(=O)C1C=CC(C2C3C=CC=CC3=NC(=O)C2C(=O)F)C=C1	TargetDiff	6M8Q	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73262	O=C(O)[C@H]1C(C=Cc2ccccc2)=CC(F)=C2C3=C1O[C@@H](C1C=CC=CC=C1)N3C1=NNN=C[C@@H]12	TargetDiff	6M8Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73263	CC(CCC=C=C1C=C(c2ccccc2)NC(=O)OC1=O)C(C)C(=O)O	TargetDiff	6M8Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73264	CC(C(=O)O)C(C)C1C=NNC2=C1CC1=C(C2)N2COC(CO)CC(OO)C2C(O)C1F	TargetDiff	6M8Q	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73265	CC(=N)N1CC2C(O)=CCCCC2C1C1=C(F)C=C(O)CC1=O	TargetDiff	5CAP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73266	NN=C1[C@H]2N[C@@H]([C@H]3CC(=O)O[C@@H]3N)CC2=C2[C@@H]3CCCN=C3N[C@H]12	TargetDiff	5CAP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73267	CC1=NNC(=O)[C@@H](C)C1=Cc1cncc(F)c1	TargetDiff	5CAP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73268	CNCC(CCC(C)O)c1cccc(C)c1	TargetDiff	5CAP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73269	N=C1CC2=C(/C=C(/C3COC(O)C(O)C3)NN1)NNN2	TargetDiff	5CAP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73270	CCC(=O)N1C(=O)C2(C=CCC=C2Cl)c2ccccc21	TargetDiff	5CAP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73271	CC1=C2C3=C(CC=NC3=NC1=O)N1C(C)C(C(=O)O)C(N)C21O	TargetDiff	5CAP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73272	CN1C(=O)C=NN=CC1CC1C=C(Cl)C(C(=O)O)c2nccnc21	TargetDiff	5CAP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73273	CC1CC/C=C2/Cc3c(C(=O)O)nc4ncccc4c3C2C(=O)N1	TargetDiff	5CAP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73274	CCCC1NC(=O)C(O)(O)C(CO)CCC(CC(=O)O)C=C=CC2C1NC(C(N)=O)C(O)C2(O)CC	TargetDiff	4RHX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73275	NCC(CCC1C=C(O)C=CC1CC(C(=O)O)C(=O)OC(CO)CCOCC1CCCNCC1)C(CO)C(=O)OP(=O)(O)O	TargetDiff	4RHX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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