Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
73516	CC1(C)CC2C(O1)C(C(=O)O)COC2(C)CO.CCNOC	TargetDiff	4CJ4	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
73517	C=C1N=C(C2CCO2)C2=C(N1)C1=C(C2)NC(C)C1	TargetDiff	4CJ4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73518	CC1=CC(C[C@H]2CCN[C@H]2C=CC=C2C=CCC3=C2N=CNN3)C=CC1	TargetDiff	4X8V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73519	CC(C)COc1cc(O)ccc1C(O)C1C=NC2C=CC(CN)=CC2=C1	TargetDiff	4X8V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73520	CC(O)CCCCC1C(=O)NC2CC3=NC(=N)N=C3C(=O)C2C1O	TargetDiff	4X8V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73521	Cc1ccc(C2(Cl)ONC(=O)c3cncc(C)c3NC(=O)CCC3CCCCN32)cc1	TargetDiff	4X8V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73522	NC(=O)C1C[C@@H](C=CNC(=O)C2C=CC3=C(C=C2)N=CNC3)C(=C=CNCCCC[C@@H]2CCCN2)[C@H]2C=CCC=C12	TargetDiff	4X8V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73523	CC(=O)NC1C=CC=CC(C(CNC=O)c2cc3c4c(ccc5cncc(c54)C3(O)O)c2)=C1	TargetDiff	4X8V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73524	CCC=CN1CC[C@@H]2C=C[C@H](Cl)C=C2C(=O)C2C/C(=C(/O)C(=O)/N=C/1CC)C=CC1=C2SC2CNC(=N)N=C12	TargetDiff	4X8V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73525	N=C1NC(=O)C2=C(CCC(CC3C=CC(O)C=C3)C3OCO3)CSC12	TargetDiff	4X8V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73526	CCCC1CCC(C)C(O)C2(O)C1=CCC(O)C2C=O	TargetDiff	5LLC	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73527	CC1CSS([O])([O])N1.CCC(C)c1ccccc1	TargetDiff	5LLC	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73528	CC1(S([O])([O])C2=CC(O)(O)C(F)=CC2)CCOC1	TargetDiff	5LLC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73529	C[C@@]12NC(=CCN([O])[O])C(=O)NC/C=C\C=C=CC[C@H]1[C@H](O)C1=CCC=CC=C12	TargetDiff	5LLC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73530	NC1=C(S(O)(O)O)COC1	TargetDiff	5LLC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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