DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
73471 O=C(O)CC1COC(O)C1C1=NCC(c2cncnc2)N1 TargetDiff 2JJG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73472 CN(CO)C1CC(O)(O)CC(c2ccc3c(c2)C=NCN=C3)O1 TargetDiff 2JJG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73473 CC(CO)OC(=O)C(O)CC1=NC2=C(NCN2)C(=N)C1C TargetDiff 2JJG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73474 N=C1N=CC2C(=N1)N=C1OC(OP(=O)(O)O)C(O)CCC(O)N12 TargetDiff 2JJG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73475 CNCCCCP(=O)(O)O TargetDiff 2JJG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73476 CS1(N)OCP[SH]1(O)(P=P)P[SH]=P TargetDiff 2JJG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
73477 CC1NC2=C(NNC2)C(O)C1C1CC(O)C(C(O)C(=O)O)C1O TargetDiff 2JJG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73478 CC1=CC2OC3(CN(C(=O)O)C4CCC(CO)C4O3)NCC2NC1=S TargetDiff 2JJG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73479 CCC1C2CC(C3=C(O)C(C(O)C(N)=O)CN3)C(C)C2OC1(O)c1cc(=O)oc(=O)o1 TargetDiff 2JJG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73480 NC(=O)c1ncc(NCC(=O)O)cn1 TargetDiff 2JJG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73481 NCc1ccc(C(=O)O)cn1 TargetDiff 2JJG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73482 CC1NNC2=C1N=CCN(C(CO)OC(O)(CO)C(=O)O)C2=O TargetDiff 2JJG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73483 O=C(O)C1CC2CC3CC(O)(OP(=O)(O)O)c4cc(CO)ccc4C3CC2N1 TargetDiff 2JJG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73484 O=P(O)(O)OCC1C(NC2=C=CC3=C(C=C2)NNN3)CC=CC(O)C1O TargetDiff 2JJG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73485 CPPC(P(O)F)S(=O)C(=N)CCN TargetDiff 2JJG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔

73471 to 73485 of 73725 items. Total 4915 pages.