Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
73456	CC(=O)NC(=O)C1OC(O)(C(O)C(O)C2OC(=O)C(O)C(C(O)C(CS)C(=O)O)O2)OP1(=O)O	TargetDiff	6FV4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73457	O=C(O)C1C(CO)CC2NC3=C(CC(O)(O)CC3(O)c3ccccc3)C2(O)C1O	TargetDiff	6FV4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73458	CC(=O)OCC(O)C(=O)NC1(O)CC(OOP(=O)(O)O)C(O)CO1	TargetDiff	6FV4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73459	O=C1C2=CC(=N[C@@H]3CCC(O)(O)[C@H](O)[C@@H](O)C3)C(O)C(O)=C2C=C(O)[C@@H]1O	TargetDiff	6FV4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73460	COC1=NC(=O)C(CC(=O)O)C=C1	TargetDiff	2JJG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73461	NC1c2ncccc2CC1CC1CC(O)(CO)C(O)C(C(=O)O)=C1O	TargetDiff	2JJG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73462	CCC1=C2C(=O)N=C(CC(O)(CO)OP(O)O)C(O)=C2NC1	TargetDiff	2JJG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73463	NCc1nccc(NCCCC(O)C(=O)O)c1O	TargetDiff	2JJG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73464	NS(CS[SH](P)SOP)(NO)NN(F)S(N)(F)(F)(P)PF	TargetDiff	2JJG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
73465	CC(N)C1CC2N=C(COP(=O)(O)O)C=CC=C2N1	TargetDiff	2JJG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73466	O=C1N=CC(CCOP(=O)(O)O)C(=O)N1	TargetDiff	2JJG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73467	CC(=O)CC(=O)NC1=NCC2=CCCNCC21	TargetDiff	2JJG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73468	CC1=NCC2N=C(C(CO)OP(=O)(O)O)C=CN12	TargetDiff	2JJG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73469	CC(C(=O)O)N1CC2N=CC(=N)N=C2C1=N	TargetDiff	2JJG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73470	O=C(O)NC(C(=O)O)C(O)C(O)C1CCN=C2NCC(=O)N2C1	TargetDiff	2JJG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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