DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
73441 CC1CCC(CCS(O)(O)OCC(C(=O)O)C(C(=O)O)C2CCCCC2)CC1 TargetDiff 5U8C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73442 CC(C)CCCCC(O)=CC[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](N)P(=O)(O)O TargetDiff 5U8C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73443 CC1CC(OC2(C)Cc3cccc4c3C2NC4=O)C(C(OP(=O)(O)O)C(=O)O)C1N TargetDiff 5U8C ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73444 O=C(O)CCC(OC(O)COS(O)(O)OCCO)C(O)C(O)CC(O)(O)CN1CCCCC(CNC(=O)O)C1 TargetDiff 5U8C ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73445 O=C(O)CCCCCOCC1OCCC2NC(=O)C3CNN=C1C23.O=C(O)O TargetDiff 5U8C ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73446 N=C1C=C(c2ccc(O)c(C3OC(C(=O)O)CC3O)c2)CC=N1 TargetDiff 5U8C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73447 [O]N([O])C1=CC(c2ccnc(C(O)C(CCC(=O)O)OC(=O)O)c2)C=C(O)C1 TargetDiff 5U8C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73448 COc1ccc2c(c1)C(Cl)C1C(=C2)C(O)C(O)C(C(C)O)C1NC(=O)O TargetDiff 5U8C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73449 CCc1cccc(CCCC2CCO/C=C\C(P(=O)(O)O)C2)c1 TargetDiff 5U8C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73450 O=C1NC=C=C(CCC2C=CCC(F)=C2O)CC=C=C2C=CCC(C(=O)O)C2CC1O TargetDiff 5U8C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73451 CN1CCCC2OC3OC4(O)CC5CC(O)(O)C(O)C(O)C5(O)CC4C4=C3C(C=C2OC(CCO)C1)CC4 TargetDiff 6FV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73452 O=C1OC2C(OC(C(O)(O)CO)C2O)C(=O)OC2c3ccccc3CC2C(O)C(O)C1O TargetDiff 6FV4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73453 CC1N=CC=C2N=C(C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C(=O)O)C(O)C(C)C21 TargetDiff 6FV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73454 O=C(NC1CCC(O)C(O)C1C(=O)O)C(O)CC(O)C1CC(O)C(O)C1O TargetDiff 6FV4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73455 NC(=O)C(O)=C1C(=O)C2C(=O)N(CO)[C@H](CO)CCC(O)[C@@H]2C1=O TargetDiff 6FV4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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