Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10096	CC1CCCN(C(=O)c2ccc(C3=CC(Cc4ccc(C(N)=O)cc4)=C4CCCCCC4C3)cc2)C1	AlphaDrug	5OS5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10097	CC1CCCN(C(=O)c2cc3cc(C(=O)Nc4ccc(S(C)(=O)=O)cc4)ccc3cn2)C1	AlphaDrug	5OS5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10098	Cc1cc(-c2cc(C(=O)Nc3ccc(N4CCOCC4)cc3)c3c(N)ncnc3n2)ccc1C(=O)N1CCCC(C)C1	AlphaDrug	5OS5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10099	CC1CCCN(C(=O)c2cc3cc(/C=C/C(=O)Nc4ccc(N5CCN(C(=O)C(C)(C)C)CC5)cc4)ccc3[nH]2)C1	AlphaDrug	5OS5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10100	CC(C)(C)c1ccc([SH](=O)(C2CCCCC2)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5ccc(F)c(F)c5)nc34)CC2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10101	CC(C)(CC[SH](=O)(c1ccc(C2CCCCC2)cc1)c1ccc(C(C)(C)C)cc1)C(=O)O	AlphaDrug	2CY0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10102	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Nc3nc4c(-c5ccc(F)cc5)cccc4[nH]3)C2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10103	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ccnc(-c4cccc(Cl)c4)n3)CC2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10104	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(C3CCN(C(=O)N4/C=C\N5CCCCOCCN4C(=O)OCCOCC5)CC3)CC2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10105	CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)C1CCC(N(C(=O)NC2CCC(F)(F)NC(=O)C2)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)CC1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10106	Cc1ccc([SH](=O)(C2CCCCC2)N2CCC(Nc3ncnc(N)c3C3CCCCC3)CC2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10107	Cc1ccc(-n2cc(Cc3ccc(Cl)cc3)nc2-c2ccc(F)cc2)cc1S(=O)(=O)NC1CCCCC1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10108	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncnc(Nc4ccc(F)cc4)n3)CC2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10109	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC3=C/C=C4/C5CCCCC/C(=C/3)ONC(=O)C(=O)N4CCN5C)CC2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10110	CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)C1CCC(N(C(=O)NC2(c3ccc(F)cc3)CCCCC2)C(F)(F)F)CC1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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