Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10126	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Nc3nc4c(-c5ccc(F)c(F)c5)cccc4[nH]3)C2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10127	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Nc3nc4c(-c5ccc(C(F)(F)F)cc5)cccc4[nH]3)C2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10128	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5cccc(CC(=O)O)c5)cc34)CC2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10129	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3cccc(-c4nnnn4CCC(O)CC(=O)O)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10130	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5ccccc5)nc34)CC2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10131	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3nc4cc(-n5cncn5)ccc4[nH]3)CC2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10132	CC(C)(C)c1ccc([SH](=O)(C2CCCCC2)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5ccc(F)c(Cl)c5)nc34)CC2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10133	CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)C1CCC(N(C(=O)NC2CCC(F)(F)NC(=O)C2)c2ccc(Cl)c(Cl)c2)CC1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10134	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncc(C(=O)O)cc3Cc3ccccc3)CC2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10135	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(C3(Nc4ncnc5[nH]c(-c6ccc(F)cc6)nc45)CCCCC3)C2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10136	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2C=CC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5cccc(Cl)c5)cc34)CC2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10137	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ccccc3Cc3c[nH]c4ccc(F)cc34)CC2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10138	CC(C)(C)c1ccc([SH](=O)(C2CCCCC2)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5cccc(Cl)c5)nc34)CC2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10139	CC(C)(C)c1ccc([SH](=O)(CC2CCCCC2)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5ccc(F)cc5)nc34)CC2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10140	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5ccccc5)cc34)CC2)cc1	AlphaDrug	2CY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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