DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10111 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)C1CCC(N(C(=O)O)C(=O)NC2(c3ccc(F)cc3)CCCCC2)CC1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10112 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5cccc(Cl)c5)nc34)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10113 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncnc(Nc4ccc(Cl)cc4)n3)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10114 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Nc3ccnc4[nH]c(-c5ccc(F)cc5)cc34)C2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10115 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10116 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3nc4ccc(Cl)cc4[nH]3)CC2)cc1F AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10117 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5ccc(F)c(F)c5)nc34)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10118 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2C=CC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5cccc(F)c5)cc34)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10119 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncnc(Nc4cc(N5CCOCC5)ccn4)n3)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10120 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3cccc(-c4cnc[nH]4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10121 Cc1ccc([SH](=O)(CC2CCCCC2)N2CCN(c3ccc(-c4ccccc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10122 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncnc(Nc4ccc(N5CCOCC5)cc4)n3)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10123 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)C1CCC(N(C(=O)O)C(=O)NC2(c3cccc(F)c3)CCCCC2)CC1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10124 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5ccc(Cl)cc5)nc34)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10125 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)C1CCC(N(C(=O)NC2CCC(F)(F)NC(=O)C2)c2ccccc2)CC1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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