DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10171 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Nc3nc4c(C5CCN(C(N)=O)CC5)cccc4[nH]3)C2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10172 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3nc4c(-c5ccc(F)cc5)cccc4[nH]3)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10173 CC(C)(C)c1ccc([SH](=O)(C2CCCCC2)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5ccc(F)cc5)nc34)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10174 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)C1C=CC(N(C(=O)O)C(=O)NC2(c3ccccc3)CCCC2)CC1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10175 CN(C(=O)CCc1ccccc1)C1CCCN([SH](=O)(CC2CCCCC2)c2ccc(C(C)(C)C)cc2)C1 AlphaDrug 2CY0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10176 CC(C)(C)c1ccc([SH](=O)(C2CCCCC2)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5cccc(F)c5)nc34)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10177 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5cccc(C(F)(F)F)c5)cc34)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10178 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Nc3nc4c(-c5ccccc5F)cccc4[nH]3)C2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10179 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5cccc(Cl)c5)cc34)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10180 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5cccc(F)c5)nc34)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10181 Cc1cc(C)cc(-c2cc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)n[nH]2)c1 AlphaDrug 5ACY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10182 Cc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C4CCN(C(=O)N5CCN(C)CC5)CC4)cc3/C=N\C(=O)C3CCN(C(=O)C(F)(F)F)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ACY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10183 Cc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C(F)(F)Cc4cccc(Cl)c4)cc3OCC(=O)N3CCC(N4CCCC4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ACY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10184 Cc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C4CCNC(C(=O)NC5CCCCC5)C4)cc3CNC(=O)C3CCN(C(=O)C(F)(F)F)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ACY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10185 Cc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C4CC4)cc3CNC(=O)C3CCN(C(=O)C(C)(C)O)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ACY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

10171 to 10185 of 73725 items. Total 4915 pages.