DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10216 Nc1nc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)nc2ccccc12 AlphaDrug 5TBM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10217 CC1(C)CC2(C)OC(=O)c3ccc(O)c(O)c3C12 AlphaDrug 5TBM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10218 Cc1ccc2cccc(C(=O)NO)c2c1 AlphaDrug 5TBM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10219 N#Cc1ccccc1-c1cccc(C(=O)N2CCN(c3ccc(N4CCC(O)CC4)nc3)CC2)c1 AlphaDrug 6CKW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10220 O=C(c1cccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)c1)N1CCN(c2ccc(N3CCC(O)CC3)nc2)CC1 AlphaDrug 6CKW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10221 Nc1nc2ccc(-c3ccc(F)c(NC(=O)NCC(F)(F)F)c3)cc2[nH]1 AlphaDrug 6CKW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10222 O=C(c1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c1)N1C=CN(c2ccc(N3CCC(O)CC3)nc2)CC1 AlphaDrug 6CKW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10223 O=C(c1cccc(-c2cnc(N3CCN(C4CC4)CC3)cn2)c1)N1CCN(c2ccc(N3CCC(O)CC3)nc2)CC1 AlphaDrug 6CKW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10224 O=C(c1cccc(-c2cnc3cccnn23)c1)N1CCN(c2ccc(N3CCC(O)CC3)nc2)CC1 AlphaDrug 6CKW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10225 O=C(NCc1cccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)c1)c1cc(-c2ccc(N3CCC(O)CC3)nc2)cc(N2CCNCC2)c1 AlphaDrug 6CKW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10226 OC1CCN(c2ccc(N3CCNC(c4cc(C(F)(F)F)nc(N5CCNCC5)n4)C3)cn2)CC1 AlphaDrug 6CKW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10227 O=C(c1cccc2ccccc12)C1CN(c2ccc(N3CCC(O)CC3)nc2)CCN1 AlphaDrug 6CKW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10228 O=C(Nc1ccc(CCN2CCNCC2)cc1)c1ccc(N2CCC(O)CC2)nc1 AlphaDrug 6CKW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10229 CC(C)CC(NC(=O)c1cc2ccccc2n1Cc1ccccc1)C(=O)Nc1ccccc1 AlphaDrug 4W9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10230 Cc1ccc2c(C(C)(C)C)cc(C(=O)NC3CCC(NC(=O)c4ccccc4)CC3)nc2c1 AlphaDrug 4W9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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