DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10261 NS(=O)(=O)c1ccc(CCCCC2(C(=O)NO)CCC=CCC2)cc1 AlphaDrug 4MNP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10262 NS(=O)(=O)c1cccc(Sc2ccc(C(=O)O)cc2)c1 AlphaDrug 4MNP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10263 NS(=O)(=O)c1ccc(C(=O)N2CCCCCC2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4MNP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10264 Cc1ccc(NC(CC2CCCCCC2)c2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)cn1 AlphaDrug 4MNP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10265 NS(=O)(=O)c1ccc(N2CCN(S(=O)(=O)c3ccc(Cl)cc3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 4MNP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10266 NS(=O)(=O)c1ccc(C(CSc2cccc(O)c2)N2CCC(N3CCCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4MNP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10267 NS(=O)(=O)c1ccc(C(CC2CCCCC2)Nc2ncccc2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4MNP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10268 NS(=O)(=O)c1ccc(N2CCN(S(=O)(=O)c3ccc(C4(O)CCCC4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4MNP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10269 COc1ccc(Cc2ccc(-c3nnc(CC(=O)O)o3)cn2)cc1OC AlphaDrug 5F1X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10270 COc1ccc2[nH]c(-c3cc(Cc4cc(F)c(F)cc4C)ccc3OC)nc2c1 AlphaDrug 5F1X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10271 COc1ccc2[nH]c(-c3cc(Cc4cc(F)cc(O)c4C)ccc3OC)nc2c1 AlphaDrug 5F1X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10272 COc1ccc(Cc2cc(F)c(O)c(-c3nc(NC(=O)c4ccc(F)cc4)nc4ncc(C#N)nc34)c2)cc1 AlphaDrug 5F1X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10273 COc1ccc(Cc2cc(F)cc(O)c2-c2nnc(NC(=O)c3ccc(F)cc3)o2)cc1 AlphaDrug 5F1X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10274 COc1ccc(-n2nc3c(-c4cnn(C)c4)cc(-c4nc5ccc(OC)cc5[nH]4)cc3c2-c2ccc(OC)nc2)cc1 AlphaDrug 5F1X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10275 COc1cccc(CNC(=O)c2ccc(-c3nnc(C4CC4)o3)cc2)c1 AlphaDrug 5F1X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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