Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10231	CC(CC(N)=O)c1ccc2c(c1)CCCN2C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(=O)c1ccccc1	AlphaDrug	4W9P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10232	CC(Cc1ccccc1)Nc1ccc2c(c1)CCCCC(C)(C)C2	AlphaDrug	4W9P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10233	CC(Nc1cc2ccccc2nc1-c1cccc(OC(F)F)c1)c1ccccc1	AlphaDrug	4W9P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10234	CC(C)(Oc1ccc(C(=O)NC2CCCCC2)c2ccccc12)c1ccccc1	AlphaDrug	4W9P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10235	COC(C)(C)Cc1c(N)nc2cc(-c3cccc(O)c3)ccc2c1C	AlphaDrug	4W9P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10236	Cc1c(CC(C)c2ccccc2)n(C)c2cc(-c3cccc(OC(F)F)c3)ccc12	AlphaDrug	4W9P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10237	CC(Oc1cc2c(c(Cl)c1C(C)(C)C)OC(=O)C(Cc1ccc(O)c(O)c1)C21CCCN(C)C1)C(=O)C(C)(C)C	AlphaDrug	4W9P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10238	CN(C(=O)c1ccccc1)C1CCN(c2ccc(OC(C)(C)C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(=O)NCC#N)cc2)CC1	AlphaDrug	4W9P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10239	CN(C(=O)c1cc(C(=O)c2cccc(Cl)c2)ccc1OCC1CCCCC1)C1CCC(C)(C)C(O)C1	AlphaDrug	6IEZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10240	CC1(C)CCC(NC(=O)c2cc(S(=O)(=O)c3cccc4ccccc34)ccc2N2CCC(O)(c3ccccc3)CC2)CC1	AlphaDrug	6IEZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10241	CC1(C)CCC(NC(=O)c2cc(S(=O)(=O)c3ccc(-c4ccccc4)cc3)ccc2NC(=O)c2ccccc2)CC1	AlphaDrug	6IEZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10242	CC1(C)CCC(NC(=O)c2cc(-c3ccccc3C(=O)c3cccc(Cl)c3)ccc2OCC2CCCCC2)CCO1	AlphaDrug	6IEZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10243	CC1(C)CCC(NC(=O)c2cc(S(=O)(=O)c3ccc(Cl)cc3)ccc2N2CCC(c3cccc(Cl)c3)CC2)CC1	AlphaDrug	6IEZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10244	CC1(C)CCC(NC(=O)c2cc(S(=O)(=O)c3cccc4ccccc34)ccc2N2CC(O)C(c3ccccc3)C2)CC1	AlphaDrug	6IEZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10245	CC(C)C(NC(=O)C1OC(NC(=O)C(CCC2CCCC2)NC(=O)C(CCc2cccc(O)c2)NS(=O)(=O)c2ccccc2Cl)CC1O)C(=O)c1ccccc1	AlphaDrug	6IEZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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