Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10246	CN1CCC(CCN(CCO)c2cccc(Oc3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)C=CC1(C)C	AlphaDrug	6IEZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10247	CC1(C)CCC(/N=C(/C=C/c2ccccc2)c2cccc(OCC3CCCCCC3)c2)CC1	AlphaDrug	6IEZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10248	CC1(C)CCC(NC(=O)c2cc(S(=O)(=O)N3CCC(c4ccc(Cl)cc4)CC3)cc(Cl)c2Cl)CC1	AlphaDrug	6IEZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10249	Cc1cnc(C(O)(CNC(=O)c2cc(C)nc(-c3ccc(C4CCCCC4)cc3)c2)C(F)(F)F)nc1	AlphaDrug	5NDF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10250	Cc1cc(C(=O)NCC(O)(c2ccc(N3CCOCC3)cc2)c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc(-c2ccc(C3CCCCC3)cc2)n1	AlphaDrug	5NDF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10251	Cc1cc(C(=O)NCC(O)(c2ccccc2)c2cccc(Cl)c2)cc(-c2ccc(C3CCCCC3)cc2)n1	AlphaDrug	5NDF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10252	Cc1cc(C(=O)NC/C(N)=N\C(=O)c2cccc(-c3ccccc3)c2)cc(-c2ccc(C3CCCCC3)cc2)n1	AlphaDrug	5NDF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10253	Cc1cc(C(=O)NCC(O)(c2ccc(N3CCC(F)(F)C3)cc2)c2cccc(OCC(F)(F)F)c2)cc(-c2ccc(C3CCCCC3)cc2)n1	AlphaDrug	5NDF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10254	Cc1cc(C(C)(C)C)cc(-c2ccc(C3(N(C(=O)NC4CC4)C(=O)NC4CC4)CC3)cc2)n1	AlphaDrug	5NDF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10255	C=C(c1ccc(-c2ccc(C)nc2)cc1)c1cc2cc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)ccc2n1CC(=O)O	AlphaDrug	5NDF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10256	Cc1cc(-c2cccc(OC(F)(F)F)c2)cc(-c2ccc(N3CCNC(=O)c4ccccc43)cc2)n1	AlphaDrug	5NDF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10257	Cc1cc(C(=O)NC(C(=O)O)c2cccc(OC(F)(F)F)c2)cc(-c2ccc(C3CCCCC3)cc2)n1	AlphaDrug	5NDF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10258	Cc1cc(C(=O)NC(C(=O)O)c2ccccc2)cc(-c2ccc(C3CCCCC3)cc2)n1	AlphaDrug	5NDF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10259	NS(=O)(=O)c1ccc(C(CC2CCCCCC2)Nc2nc3c(SCc4ccccc4)nccc3c(=O)[nH]2)cc1	AlphaDrug	4MNP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10260	NS(=O)(=O)c1ccc(C(CC2CCCCCC2)Nc2nc3ccccc3[nH]2)cc1	AlphaDrug	4MNP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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