Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10186	CNC(=O)NC(=O)N1CCC(c2ccc(-c3ccc(-c4ccc(C)cc4)cc3)c(CNC(=O)C3CCN(C(=O)C(F)(F)F)CC3)c2)CC1	AlphaDrug	5ACY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10187	Cc1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc2nn(-c3cc(-c4cnnn4C)ccc3Cc3ccccc3)cc12	AlphaDrug	5ACY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10188	COC(F)(F)C(=O)N1CCC(C(=O)/N=C/c2cc(C(F)(F)F)ccc2-c2ccc(-c3ccc(C)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	5ACY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10189	COC(F)(F)C(=O)N(C)C1(c2ccc(-c3cc(-c4ccc(C)cc4)cnc3C(F)(F)F)cc2)CCCC1	AlphaDrug	5ACY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10190	Cc1ccc(-c2cnc(C(=O)NC3CCN(C(=O)NC4CCCC4)CC3)c(-c3ccc(C(C)(C)OC(F)F)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	5ACY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10191	CCC(C)Nc1nc(N)c2nc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)sc2n1	AlphaDrug	5ORH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10192	CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5ORH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10193	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5ORH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10194	COC(=O)c1ccc(COc2ccc(-c3nc(N)nc4c3ccn4C)cc2)cc1	AlphaDrug	5ORH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10195	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5ORH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10196	CN(C)c1ccc(-c2nc(NCc3ccc(-c4cccc(OC(F)F)c4)cc3)cc(C#N)c2C#N)cc1	AlphaDrug	5ORH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10197	COC1C(N(C)C(=O)c2cccc(Cl)c2)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5ORH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10198	CC1CN(c2ccc(Nc3nc(NCC4CC4)ncc3C(=O)NC3CC3)cc2)CCN1	AlphaDrug	5ORH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10199	Nc1nc(C2CCC(NC(=O)N3CCN(C4CCCCC4)CC3)CC2)nc(-c2ccc(OCc3ccccc3)cc2)c1F	AlphaDrug	5ORH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10200	CNC(=O)C1CCCN(c2nc(NC3CCC(O)CC3)c(Cl)c(-c3ccc(C(=O)O)cc3)n2)C1	AlphaDrug	5ORH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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