Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10201	CN1CCN(c2cc(Cl)cc(Nc3cc(NC(=O)c4ccc(N5CCC(N6CCCC6)CC5)cc4)ncn3)c2)CC1	AlphaDrug	6OQD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10202	CN1CCN(c2cc(Nc3cc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)ncc3C(=O)O)ccc2Cl)CC1	AlphaDrug	6OQD	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10203	CC(=O)c1c(C(C)(C)C)nn2c(NC(=O)NCCC(F)(F)F)cc(Nc3cc(N4C=CN(C)CC4)nc(C)n3)nc12	AlphaDrug	6OQD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10204	CN1CCN(c2cc(Nc3cc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4F)ncc3C(=O)O)ccc2Cl)CC1	AlphaDrug	6OQD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10205	CN1CCN(c2cc(Nc3cc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)ncc3C(=O)O)ccc2CN2CCOCC2)CC1	AlphaDrug	6OQD	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10206	CN1CCN(c2cc(Nc3cc(C(C)(C)C)sc3C(N)=O)nc(-c3ccc(C(C)(C)C(=O)O)cc3)n2)CC1	AlphaDrug	6OQD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10207	CC(C)c1cc(Nc2cc(NC(=O)Nc3cccc4ccccc34)ncn2)cc(N2CCN(C)CC2)c1	AlphaDrug	6OQD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10208	Cc1cc(Nc2cc(NC(=O)Nc3ccc(Cl)cc3)ncn2)cc(N2CCN(C)CC2)c1	AlphaDrug	6OQD	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10209	CN1CCN(c2cc(Nc3cc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)ncc3C(F)F)nc(-c3ccc(F)cc3)n2)CC1	AlphaDrug	6OQD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10210	CN1CCN(Cc2ccc(Nc3nc(N4CCC(NC(C)(C)C)CC4)cc(C(C)(C)C)n3)c3ccc(Cl)cc23)CC1	AlphaDrug	6OQD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10211	Cc1c(N(C(=O)c2ccc(C(C)(C)C)cc2)c2ccccc2)c1=O	AlphaDrug	5TBM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10212	Nc1nc(NCc2ccc(O)cc2)cc(C(=O)NCCC(=O)O)n1	AlphaDrug	5TBM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10213	Cc1cc(C(=O)O)c2c(O)cc(O)cc2c1O	AlphaDrug	5TBM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10214	NC1=NC(=O)C(=O)c2ccc(O)c(O)c21	AlphaDrug	5TBM	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10215	Cc1c(C)c2sc(C3CCCCC3)cc2c(=O)[nH]c1=O	AlphaDrug	5TBM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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