DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10141 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)C1CCC(N(C(=O)NC2CCC(F)(F)NC(=O)C2)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10142 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Nc3nc4cc(-c5ccc(F)cc5)ccc4[nH]3)C2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10143 CC(C)(C)OC(=O)NC(=O)N1CCC(C2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5ccc(F)cc5)nc34)CC2)CC1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10144 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cccc(C(F)(F)F)c2)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10145 Cc1ccc([SH](=O)(CC2CCCCC2)C2=NC(=O)N(CC(F)(F)C(F)(F)F)C2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10146 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3cccc(-c4ccccc4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10147 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncncc3OCc3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10148 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5ccc(F)cc5)cc34)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10149 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncc(C4CCCCC4)cc3C(F)(F)F)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10150 CC(C)(C)c1ccc([SH](=O)(C2CCCCC2)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5cccc(F)c5)cc34)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10151 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Nc3nc4ccc(Cl)cc4[nH]3)C2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10152 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ncnc(Nc4cccc(N5CCOCC5)c4)n3)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10153 Cc1ccc([SH](=O)(CC2CCCCC2)N2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5ccc(F)cc5)nc34)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10154 Cc1ccc([SH](=O)(CC(CN2CCOCC2)c2ccc(F)cc2)C2CCC(N(C)C(=O)C(C)(C)C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 2CY0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10155 CC(C)(C)OC(=O)NCC(=O)N1CCC(C2CCC(Nc3ncnc4[nH]c(-c5ccc(F)cc5)nc34)CC2)CC1 AlphaDrug 2CY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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