DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10291 Cc1c(C(C)Cc2ccc(-n3c(C(N)=O)cc4ccccc43)cc2)cc(Cl)c(Cl)c1C AlphaDrug 5OV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10292 Cc1ccc2c(c1)cc(C(N)=O)n2-c1ccc(CC(C)Cc2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 5OV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10293 CC(Cc1ccc(S(C)(=O)=O)cc1)NC(=O)NC(=O)NC(=O)/C=C/C(C)(N)Cc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5OV8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10294 CC(Cc1ccc(-n2c(C(N)=O)cc3ccccc32)cc1)Cc1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 5OV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10295 CC(Cc1ccc(OCC(C)(C)C(=O)O)c(Nc2ccc(C(F)(F)F)cc2)c1)c1ccc(C(C(=O)O)N2CCCN(C(C)C)CC2)cc1 AlphaDrug 5OV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10296 CC(Cc1ccc(-n2c(C(N)=O)cc3ccccc32)cc1)Cc1cc(C(F)(F)F)ccc1C(F)(F)F AlphaDrug 5OV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10297 CC(=O)N1CCCN(C(C(=O)O)c2ccc(-c3ccc(-c4c(C)c(C)c(=O)n(C)c(=O)c4C)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5OV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10298 COc1ccc(NC(=O)c2ccc(Cl)cc2NCC(=O)NCc2ccccc2)cc1OCCC(=O)O AlphaDrug 6AJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10299 COc1ccc(NC(=O)Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)cc1C(=O)NCc1ccncc1 AlphaDrug 6AJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10300 COc1ccc(C2(c3ccccc3C(=O)NC(=O)NC(Cc3ccccc3)C(=O)NC(=O)NC(C)C(N)=O)CCCC2)cc1 AlphaDrug 6AJR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10301 COc1ccc(NC(=O)Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)cc1C(=O)N1CCC2(C1)CN(c1ccccc1)C2=O AlphaDrug 6AJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10302 COc1ccc(NC(=O)Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c(OC)c1 AlphaDrug 6AJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10303 COc1ccc(NC(=O)Nc2cc(F)cc(-c3nnn(CC(=O)NC4CC4)c3C)c2)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 6AJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10304 COc1cc(C(=O)NCc2cccc3ccccc23)ccc1NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6AJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10305 COc1ccc(NC(=O)Nc2cc(-c3ccccc3)cc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 6AJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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