DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10336 CC(C)CC(NC=O)C(=O)Nc1ccc2cc(-c3ccccc3)ccc2n1 AlphaDrug 5SYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10337 NC(=O)c1cccc(O)c1C(=O)c1c(O)cc(O)c2c1C(C(=O)c1ccc(O)cc1)S2 AlphaDrug 6E7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10338 NC(=O)c1cc2c(OCC(=O)NCc3ccccc3)c3ccccc3n2[nH]1 AlphaDrug 6E7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10339 NC(=O)c1ccc(NC(=O)C2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 6E7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10340 NC(=O)c1ccc(-n2c(-c3ccc(F)cc3)cnc2-c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 6E7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10341 NC(=O)c1cccc(OCCCCCCCCCCCCCCC(=O)NO)c1 AlphaDrug 6E7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10342 NC(=O)c1cccc(COc2ccc(-c3ccc4ccccc4n3)c(Cl)c2)c1 AlphaDrug 6E7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10343 NC(=O)c1ccc(NC(=O)Nc2ccc(-c3ccc4ccccc4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 6E7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10344 Cc1c(C(=O)NC2CCCCC2NC(=O)c2cccc(C(N)=O)c2)nc2n1CCCC2 AlphaDrug 6E7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10345 NC(=O)c1cc(Oc2ccc(-c3nc4ccccc4s3)cc2)ccn1 AlphaDrug 6E7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10346 NC(=O)c1cccc(-n2[nH]c3nc(Nc4ccc(N5CCNCC5)cc4)ncc32)c1 AlphaDrug 6E7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10347 Cc1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1N1CCC(C(=O)Nc2ncc(-c3ccccc3)s2)CC1 AlphaDrug 5LYN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10348 Cc1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1C(=O)NC1CCCN(c2cc(-c3ccccc3)ccn2)C1 AlphaDrug 5LYN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10349 Cc1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1C(=O)NC1CCCN(c2ncc(C(F)(F)F)cc2Cl)C1 AlphaDrug 5LYN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10350 Cc1ccc(NS(=O)(=O)c2cc(-c3cccc(CN4CCOC(C#N)C4)c3)ccc2F)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 5LYN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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